多智钦寺全名为“多智钦大密悉地吉祥光明洲”，它是藏传佛教宁玛派中《龙钦宁提》传承的母寺。多智钦寺位于青海省多科山谷之章钦滩，这里风景如画、地处三县交会之地带。寺院距离色达县县城65公里，班玛县县城87公里，壤塘县县城82公里。

多智钦寺的历史最早可以追溯到八百多年以前，当时寺院的名字叫做德邬秋吉贡巴，是一座萨迦派(俗称花教)寺院。后来，由于蒙古军队的入侵，秋吉贡巴中的大多数僧人迁移去了安多地区，留下来的僧人逐渐成为宁玛派的追随者。

多智钦的“多”字是以多智钦寺所处的多科山谷而命名的，“智钦”在藏语中是“大成就者”的意思。关于“智钦”二字的出处有很多种说法，其中较为普遍的一种说法是：以往蒙古军队入侵西藏期间，第一世多智钦仁波切来到桑耶寺朝圣时，当他来到桑耶寺护法殿中向护法神白哈尔的像指责说：“你如果无力击退蒙古军队，你就不是佛教的护法神。”时，白哈尔神像向多智钦仁波切低头表示听从命令。其后仁波切到桑耶赫波日山顶做烟祭法事时，烟祭的熏烟升到虚空变成大鹏鸟的形象飘向蒙古军队的阵地而击退了入侵藏地的蒙古军。第一世多智钦仁波切是一位伟大的大成就者，他在藏地显现了很多神通，故“智钦”是大成就者的含义而命名于寺名。

《龙钦宁提》是18世纪由仁增·晋美林巴(持明无畏洲)尊者以掘藏的方式发掘出的“伏藏”法，属于大圆满法中最高的极密无上部心髓法门。所谓“龙钦”乃广大法界之含义也，而“宁提”意为心髓。《龙钦宁提》它凝集了早期心髓法门的精华，将心髓教法推向了最高峰。

第一世多智钦是仁增晋美林巴的主要弟子。他被冠以“法主”之名，这意味着他是龙钦宁提传承的法座持有者和主要的弘传者。这就是为什么多智钦是龙钦宁提传承中仅次于仁增晋美林巴的最重要的上师之原因。多智钦被认定为《龙钦宁提授记指南》中预言的赤松德赞王之子穆茹赞普的化身。根据授记，《龙钦宁提》是赤松德赞与穆茹赞普共有的法门。晋美林巴尊者对第一世多智钦仁波切授记了建立法座所在根本道场的地形特征，指出如果能在找到该地并建立道场，将使得龙钦宁提的法脉兴盛不衰。为寻找到上师所授记的圣地，第一世多智钦仁波切回到了故乡。

由于众生的业力，多智钦寺的选址和建寺曾经几经周折。第一世多智钦仁波切最先为多智钦寺选址在西琼寺附近，此寺藏名为卓登能珠(意为利生事业自然元成)。后来，又曾迁建在色达县扎钦，寺名雅隆白玛果，其意为莲花庄严寺，雅隆活佛驻锡的殊胜道场，此道场也是很殊胜的清静道场。最终，多智钦仁波切终于如愿在如今班玛县境内的章钦滩找到了晋美林巴授记的宝地。此地群山环抱、山水秀美，具足殊胜之征相。第一世仁波切在这里创建了闭关房，作为未来建寺的吉祥缘起。

第一世多智钦仁波切圆寂后，他的上首弟子之一，大智者嘉色贤潘塔伊前来担任了一段时间多智钦的代理住持。嘉瑟在雅砻贝玛固寺开创了一年一度的为期四十五天的《幻化网秘密藏续》讲修法会。第一年时华智仁波切给嘉瑟担任助教，然后他自己又主持了两届这样的法会。华智仁波切和纽西龙多在色山谷和多山谷多智钦的法座附近待过九、十年左右。

第二世多智钦晋美彭措炯尼降世。他一生的经历跌宕而坎坷，充满了神通和奇迹。在来自法界的空行母的指引以及护法山神的协助下，仁波切来到如今的班玛县境内的章钦滩--如今多智钦寺的所在地。在这里，一位名叫冉邀滚扎的牧民，给仁波切敬献了一张白色羊毛座垫和酥油及奶渣等，仁波切将此作为很祥瑞的缘起在此建寺，这就是后来著名的多智钦寺。