多瑙河洪水多由夏秋暴雨或长期连续降雨、春季高山积雪融化、冬季冰壅所造成，一年四季均可能在不同地区发生洪水。

多瑙河在德国境内奔流于群山之中，洪水灾害小，但进入奥地利境后，由于支流因河来汇，水量大增，致使维也纳市及其上游的图林平原防汛紧张。洪灾主要发生在该河中下段地区。斯洛伐克每年因多瑙河洪水造成的损失平均达3.2亿捷克法郎；匈牙利沿多瑙河及其支流蒂萨河洪泛平原内有耕地235.6公顷（占全国总耕地面积1/3），居住着全国一半的人口，有80%的城镇和村庄及半数以上的铁路和公路位于该平原上，都受到洪水威胁，1870～1970年共发生水灾62次。1970年罗马尼亚境内多瑙河大水成灾，死200人。

由于大部分降水出现在夏季和秋初（6～9月），容易产生夏、秋季洪水，例如奥地利维也纳水文站1897年（8月）、1899年（9月）、1920年（9月），斯洛伐克马尔诺水文站1965年（6月）的洪峰流量都超过8000立方米每秒。

多瑙河左岸支流多发源于山区，积雪在春季融化，汇入干流，造成春季洪水，例如维也纳站1928年5月初洪水，洪峰流量6100立方米每秒。匈牙利布达佩斯市以下的多瑙河，冬季冰坝壅起的洪水（凌汛），有几处凌汛水位竟超过伏汛水位2.5～3.0m、多瑙河降水量在时间、空间上分布不均匀，各支流一般不同时发水，出现全流域性的灾难性洪水是罕见的。发源于阿尔卑斯山的河流，往往在夏季出现暴雨洪水；发源于喀尔巴阡山的河流，一般在春季发生融雪洪水。雪雨相互补充，既可使河水流量分配比较均匀，又可使干流洪峰错开。该河流量过程线比较平坦，无骤涨骤落的现象，夏季与冬季中值流量之比，在奥地利境内一般为3:2，因河河口段则为1:1。

多瑙河实测洪水记录历史悠久。维也纳站的水文观测已有近千年历史。该站最大洪水发生于1501年，洪峰流量为14000 立方米每秒；其次是1787、1899、1897年。20世纪多瑙河在奥地利境内的最大洪水是1954年7月13日由斯坦因-克雷姆斯水文站实测的10200 立方米每秒。匈牙利记录到的历史洪水是多瑙河进入国境处的10910 立方米每秒。保加利亚和罗马尼亚实测多瑙河最大洪峰流量均为17000 立方米每秒。铁门历史最大洪水为21200 立方米每秒。

多瑙河流域冬季寒冷，一部分地区大雪封山，有些河段有凌汛。凌汛灾害有事比伏汛水灾还严重，例如匈牙利布达佩斯以下多瑙河中段，1838年3月，冰凌洪水致使布达佩斯市半数以上房屋被毁。1935、1938、1940、1941、1945、1956年均发生冰凌洪水。1956年3月凌汛，堤防被冲决57处。1942年3月，多瑙河在保加利亚斯维斯托夫下游出现凌汛，洪水位比1897年灾难性洪水位还要高2m，使瓦尔丁-诺沃戈罗德低地收到巨大损失，堤防决口数处，田地全部被淹，颗粒无收。