在紫禁城里，一派热闹景象。东厂太监曹仁超深得皇上恩宠，权位高重，一直侍奉皇帝左右，他经常装做不会武功，其实是深藏不露。有按照生肖排列的由鼠到猪十二个大内密探，由先皇设立，只听候皇帝差遣。在宫内十二人惯常潜伏宫中各处，收集情报，他们自小苦练武功，而且被送到山上与虎狼搏斗，可以变幻成各种形状掩饰身份，在宫内负责保护皇帝安全。个个身怀绝技，当中以灵灵虎（
佟大为饰）和灵灵猪（林子聪饰）的武功最为出色。十二生肖中唯独灵灵狗（
古天乐饰）无心学武，只醉心于科技及发明。他的未婚妻梅希望（
徐熙媛饰）、未来岳丈梅大侠（
梁家仁饰）及岳母林美人（
苑琼丹饰）对他亦无可奈何。大太监曹仁超（
樊少皇饰）武功卓越，但怠忽职守，残害忠良，存谋逆之心。
袁若男（
刘洋饰）的父亲被曹仁超害死，于是她女扮男装，誓报父仇。适逢皇帝（
刘仪伟饰）及西宫娘娘（
吴君如饰）要为娇丽美艳的彩云公主（
小宋佳饰）挑选“十全驸马”，曹仁超遂派遣手下应征，趁机谋朝篡位。灵灵狗、梅希望及若男等洞悉曹的阴谋，全力破坏。曹一计不成，二计又生，设计刺杀皇上。正、邪两帮遂展开一场大决战。
《大内密探灵灵狗》中的诸位演员，与各自角色的“贴合度”都很高。配合化妆，幽默特质都被发掘。尤其是几位主要演员，他们的选择恰到好处：
吴君如给人留下的印象是傻大姐，
王晶就让她演个没头脑的皇后；
刘仪伟演过不少小人物，所以他演的那个貌似只会玩闹、实则颇有城府的皇帝（和
周星驰版《鹿鼎记》中的康熙高度相似）；樊少皇这次表演除了拳脚还多了眼神，别有一番风味；
古天乐看上去非常正，就给他在服装上多下工夫，带个蝴蝶结，或者干脆穿上铠甲，总之把身材和脸都遮住；外形比较“突出”的，就直接夸张其特点，甚至恶搞，中这招的是林子聪和那威，大大方方让观众痛快地笑，无论男女，无论美丑，每个角色都有清晰的笑点，即便个别角色稍显牵强，也能制造哭笑不得的效果。比如灵灵虎有点装，摆脱不了城市小青年的腔调；
大S有点土，总是做作卖弄假甜美。他们二人瑕不掩瑜，偶尔跑偏很快又回到搞笑戏路。
本片是一部彻底的、具有完全娱乐精神的喜剧。它的笑料是全方位的，除了演员，还来自故事、场景、道具等等。相对于《
大内密探零零发》，比较影片的情节、道具、演员、对白，虽然有重复套路之嫌，但是可以让观众大笑。而且“灵灵狗”引人发笑，固然有简单的“折腾喜剧”因素在内，然而其对流行文化、权威、传统势力、惯性思维的模仿、讽刺和批判浅显易懂且一针见血。这样的讽刺与幽默是非常高级的，且睿智的。
《大内密探灵灵狗》从片名来看就会让人想到十年前
周星驰的电影《大内密探零零发》。事实上，虽然《灵灵狗》加入了恶搞影片如《变形金刚》《叶问》《满城尽带黄金甲》等桥段，但无论是人物设置还是故事的脉络，基本都是照搬《零零发》的模式，毫无新意。
如果作为一部翻拍片来看，电影并没有超越原作；如果作为一部新片来看，影片品质显得颇为低劣，走的是最流行的功夫+搞笑+特技的套路，功夫打斗部分略显沉闷冗长。因为影片的一个重点是发明，特技和道具自然是重头戏，可惜简陋的道具和漫天吊钢丝看得人没有一点胃口。当然，喜剧是王晶的拿手好戏，在《灵灵狗》里，王晶动用了很强的演员班底，除了主角
古天乐、
大S之外，
吴君如、
罗家英、苑琼丹、林子聪等喜剧明星构成坚强的绿叶阵容。影片几乎每分钟都在搞笑，但这种笑料基本属于硬搞笑，看完以后觉得颇为无聊，这也就是所谓的“无厘头”风格。
本片空有一个喜剧的噱头，但实质上却是空洞乏味的闹剧。故事主线是奸臣谋权篡位，副线则是大内密探们的爱情故事。影片把这两条故事线都处理得很无聊，“奸臣篡位”简单直白到喜羊羊的档次，“密探之爱情”东拼西凑都构不成完整的故事。影片最后，外域刺客齐出手，宫中奸臣也发动了夺权行动，本应精彩的高潮戏却因为节奏原因讲得沉闷无比。最终只是一部叙事线单一、情节散碎、对白乏味的作品。
担纲《灵灵狗》第一主演的古天乐，几乎不具备一个喜剧演员应该有的表情、肢体动作和喜剧外表下的悲剧意识，说古天乐是周星驰的接班人，简直是一个天大的玩笑。《灵灵狗》的另外一大败笔是
佟大为饰演的灵灵虎，这是一个别扭之极的角色，佟大为真的非常不适合这种无厘头表演风格。吴君如的傻大姐形象在喜剧电影中一直屡试不爽，但吴君如在《灵灵狗》中“黑色忍者、非洲土著、香肠嘴、长发女鬼”的扮相，只能说是王晶在无情地糟蹋这个喜剧品牌。
《灵灵狗》中恶搞的精髓也少有体现，能看到的，只有单调的模仿、模仿、再模仿，喜剧电影的智慧元素消失殆尽。在《灵灵狗》之中，即使娱乐性也是属于浅层面的，更别说艺术性和思想性了。当《麦兜响当当》谈道家哲理，《飞屋环游记》描绘梦想，《灵灵狗》还在拿着旧噱头来给观众抓痒。