石灰岩结构，表层及灌木。北高且大，南低且小，地形呈人头形，沿岸多陡岩，凹处是磊石，多
岩洞，北侧位于大咀和鸭咀之间有一礁盘。挂榜湾、东涌有水源，常有渔船在两地取水，避风和砍柴。1984年华南涉危动物研究所在该岛设了研究站，并放养了猴子、鹿。大杧岛自古无人居住。现岛上也没有固定居民，原始生态保存完好，植被丰富，各种珍稀动植物种众多，有热带雨林及观赏植物600多种，如将军木、罗汉松、赤楠、余甘子、春花树等，珍稀野生动物10多种，如鹿、
猴、
龟该岛的走向大致为西南东北走向，处在黄茅海的出海口，岛的东西两侧海底各有一条海口涨潮的冲刷槽，其中东槽比较近，西槽略远，槽中水底的暗流较急。岛上有猕猴群，是广东省重点自然生态保护区。大芒岛适合开发成为以欣赏自然生态、珍惜物种以及进行科普教育为主的旅游区。