《大清神捕2》作为大清神捕系列的第二部作品，由《
大清神捕》首季的原班人马再度呈现。第二季讲述了大清第一神捕再度启程，扭转朝堂政局，奋勇抗击
日寇的热血故事。清代女捕阎王宝藏一案之后，梅雨墨（
王厦饰）继承帝位，白雪晴（
李墨之饰）逃离了京城。机缘巧合之下，白雪晴与梅雨墨匆匆相遇，此时皇城深宫中，权倾朝野的六贝勒（
罗钧满饰）与仁贵妃（
刘艾妮饰）似乎又有着不可告人的预谋，朝堂与日寇的种种阴谋也即将一一揭开。
阎王宝藏一案之后，梅雨墨（
王厦饰）继承帝位，白雪晴（
李墨之饰）逃离了京城。几年过去，阳城爆发瘟疫，蔓延至京城，梅雨墨带上佟安出宫微服私访，二人身陷黑店之际，被一日本女孩晴明所救。另一边，白雪晴同秦三川进京调查瘟疫的原因。机缘巧合之下，白雪晴与梅雨墨匆匆相遇......此时皇城深宫中，权倾朝野的六贝勒与仁贵妃似乎又有着不可告人的预谋。风雨欲来，随着帝国主义势力的渗透，大清江山摇摇欲坠......