大漠州都督府，是唐代行政区划名。隶属唐王朝。

唐代行政区划名。显庆二年（657）以西突厥葛逻禄炽俟部置大漠州都督府，为羁縻都督府。治大漠州（今新疆福海县）羁縻大漠、金附二州。属关内道燕然都护府。龙朔二年（662）改属陇右道金山都护府，并割金附州为金附州都督府。长安二年（702）属北庭都护府。四年，复羁縻大漠、金附等二州,并废金附州都督府。景龙三年（709）归后突厥。开元三年（715）复置，仍羁縻大漠、金附等二州，属北庭大都护府。天宝十二载（753）归藩属葛逻禄国。