大脑后动脉闭塞是若闭塞发生于与后交通动脉吻合前，则产生各种深部阻塞。丘脑和丘离漆状体动脉的深穿支阻塞出现丘脑综合征。表现为对称痛感觉和(或)深感觉丧失，偶或仅累及单个肢体，可有痛觉过度。后期可发生剧烈的偏侧身体疼痛。可因邻近脑结构同时受损而伴有偏瘫，偏身舞蹈运动及共济失调等。红核和(或)巨状核-红核-丘脑束的损害可产生对侧肢体共济失调。

中脑腹核部闭塞可产生动眼神经麻痹和对侧偏瘫或共济失调，丘脑底核损害产生对侧偏身舞蹈运动。若闭塞发生在与后交通动脉吻合处，出现颞叶内侧和枕皮层的损害，常有对侧同向偏盲。颞叶内侧结构的阻塞可出现急性记忆障碍，特别在主半球病变时，两侧大脑后动脉远端分布区梗塞可表现皮质盲，病人常不自急失明，瞳孔反应存在。