天主教台南教区（拉丁文：Dioecesis Tainanensis），为天主教在台湾西南部设置的一个教区，成立于1961年，涵盖范围包括台南市及澎湖县。现任教区主教为林吉男主教，副主教为萧明昆神父，教区内共有约300位神父及600位修女服务。

1913年，台湾当时为日治时代中期，教廷将台湾从厦门代牧区独立出来，成立独立管区台湾监牧区。1949年12月31日，教廷将台湾的天主教会划为台北监牧区、高雄监牧区两大管区，台湾东部分属两个监牧区管辖。1952年8月7日，台湾的圣统制度正式建立，教廷再将西部平原地带的云林县、嘉义县（市）、台南市、台南县、澎湖县等6个县市独立出来，设置嘉义监牧区，由阳谷教区主教牛会卿担任监牧。1961年3月21日，教廷再将台南市、台南县、澎湖县划出，成立台南教区，罗光神父担任教区首任主教。1970年，教廷又将澎湖县划出台南教区，独立设置澎湖宗座署理区，为教廷直属的教会管区，惟目前澎湖县已回归台南教区管辖。

台南教区共管辖47个堂区（Parish）、13个兼管区（非独立堂区），整个教区另划分为五个总铎区（Deanery），每个总铎区由区内各堂区的主任司铎（Pastor）之中选出一位总铎（Dean），以利于教务管理，并作为各堂区与教区之间的连系桥梁。