跟宋家长女宋霭龄结婚为其人生一大转折点，后竭力促成蒋介石与宋美龄的婚姻。国民党定都南京后，孔祥熙出任工商部长，一九三三年继宋子文后任中央银行总裁，再任财政部部长和行政院副院长。抗战初一度兼任行政院长，抗战末期辞去本兼各项职务。一九六二年到台湾暂住，一九六七年八月十六日在美国纽约去世。孔祥熙在南京、重庆留下来的公馆、官邸主要有三处：
自一九三三年十一月接替宋子文任财政部长，至一九三七年南京沦陷之前，孔祥熙和家人主要住在铁汤池公馆。公馆设计为中国四合院格式，整体呈中型，主体格调为中西合璧，三层，坡顶，砖木结构，一棵高大的香樟树掩隐着这幢黄色的建筑。两边有巨大的花坛。二楼正中有一圆形的凉台，下用圆立柱支撑，形成一楼入口的门廊。进门就是大门厅，两边各是四间大房子，分别是客厅及秘书、副官、警卫的住处。门厅和走廊用马赛克装饰，黑白相间，格调高贵。门厅正中是旋转楼梯，可达二楼，是孔祥熙及家人的居室。孔二小姐的房间正对着楼梯，两侧是孔祥熙宋霭龄的卧室和办公室。卧室为套间，带小客厅，还配有小卫生间。卧室内是高大的落地窗，光线从进口的花色玻璃透射进来，有华丽朦胧的美感。三楼有和二楼同样大小的四间房，是孔祥熙其余子女的住处。整幢建筑的墙裙均用上好的木板做成，拼成长方格状，漆成栗色；门窗则是深酱色，色调庄重典雅。门窗至今完好，且合缝无隙。解放军占领南京后，铁汤池公馆被进城部队接管，后归南京军区后勤部（现中山东路一百二十八号）。公馆一楼
拼花地板被拆除，铺成了水泥地，大门廊被隔离出一部分使用，公馆失去整体美感。后南京军区后勤部对公馆进行了维修，迁出住户，只作为办公用房，公馆得到了更好的保护。一九八三年南京市白下区政府将铁汤池公馆列为近代建筑文物重点保护单位。
抗战期间孔祥熙常住在此。由重庆市巴南区南泉街道沿花溪河上溯三百多米、右岸建禹山半坡密林之中，一楼一底中西结合式砖木结构建筑，建于一九三九年。主体建筑处高度为海拔三百零九米，
建筑占地面积一千一百九十平方米，建筑面积一千零三十二平方米（含附属庶务楼及其它配套建筑）。主楼中门为正厅，厅内有仿西式壁炉，厅左厢原为主人卧室，现有一中式传统雕花木床空置于内，木床古朴厚实，雕工精美。正厅左侧厢房昔为孔氏书斋，现墙上挂着宋氏三姊妹以及孔二小姐当年会见美国记者的几张复制照片。正厅后有小室数间，转角回廊。主楼右侧凿崖成巷，巷道内有拱门地道拾级而下。地道长一百五十米，内有大小厅室六间，三个出口，时为躲避日机轰炸而建。从地道口侧上设有岗亭哨所，进入后山有一石板便道环山平进。当年蒋介石等民国要员曾客居此山腰豪宅。沿右侧小路而上，可到练兵场。往上登山约一千米，为建文峰。建文峰海拔五百零四米，现建有南泉索道，可从山脚直达建文峰顶。一九九二年公布为重庆市九龙坡区文物保护单位，行政区划调整后，现为重庆市巴南区文物保护单位。该宅曾交私人承包旅馆，今由南泉风景区建设管委会收回。
一九四五年抗战胜利，孔祥熙回到南京后主要住在高楼门八十号。这里原为国民政府海关总署高级官员住宅，建于一九三二年，西班牙风格建筑，整个建筑造型复杂多变。高两层，砖木结构，外墙为黄色，朝南是一排大圆拱玻璃窗，坡屋顶，铺红色筒瓦。入口为一门斗，二楼设一半圆形带护栏的阳台，颇有特色。车库设在左边，门前还有停车场和草坪、假山，院内老树名木，环境幽美。
西安事变时，蒋介石被扣西安，南京形成两大中心。一是何应钦的公馆，国民党南京政府的军事中心，主战派的大本营；另一处就是时任行政院副院长孔祥熙的公馆，蒋介石被扣期间，这里实际上成了宋美龄的行宫，此处既是国民党南京政府的行政中心，也是主和派的中心据点。一九四七年，孔祥熙携全家移居美国，公馆闲置。一九九二年，高楼门八十号孔祥熙公馆被列为南京市文物保护单位。