由于只有牙齿,孔牙龙并不引起太大的注意。在
1998年,肯尼思·卡彭特(Kenneth Carpenter)及詹姆士·柯克兰(James Kirkland)在重新评估
北美洲的下白垩纪的甲龙下目时,暂时认为孔牙龙是种异常大型的结节龙科,比所有已描述的还要大。卡彭特于
2001年维持孔牙龙是结节龙科的有效属,但却不将它纳入其
亲缘分支分类法中。在2004年,Vickaryous等人在评估装甲恐龙时,则认为孔牙龙是
可疑名称,但没有论述。但是在此之后,West及Tibert进行了孔牙龙的形态度量学分析,发现它是一个独立的属。
在1888年,
奥塞内尔·查利斯·马什(Othniel Charles Marsh)将编号USNM 2135的标本命名为孔牙龙,这是一颗从波多马克组发现、已磨损的大型
牙齿。由于当时对
甲龙下目所知甚少,马什将它与Diracodon的牙齿(后来证实是
剑龙)来比较。在
1978年Walter P. Coombs将它纳入
结节龙科之前,它都未曾被认为是属于甲龙下目的。
肯尼思·卡彭特及詹姆士·柯克兰列出了12颗在同一地区发现的额外
牙齿,作为
正模标本的牙齿,并暂时加入了一个粗壮的
胫骨(编号USNM 9154)于孔牙龙中。他们对于阿伦德尔地层没有发现此种恐龙的鳞甲,感到非常奇怪,却指也注意到在此地层中很少发现
化石。