四川存古学堂在办校原则和规格、教学规章、校务管理的划一模式等方面，具有多数存古学堂的共性特征；同时，川省办学员绅对国粹及其保存方式的认知与张之洞等人不尽相同，四川存古学堂的实际办理情形与学部规章也有相当的出入,有其独特之处。

清末内忧外患，包括四川书院在内，中国整个书院教育已跟不上时代需求。书院教育逐渐走向衰落，书院改制成近代学堂成为清政府在教育领域改革的当务之急。甲午战争之后，书院改革方案被士大夫提上了日程。如何改革书院制度，具体可以归纳为三个方案：第一、变通章程，整顿书院。第二、建立新型的实学书院。第三、改书院教育为学堂制度。1其中，改书院为学堂的方案是在1895年5月由时任顺天府尹的胡燏棻在《变法自强疏》中提出。他主张改书院为学堂，可以先在省会城市试办，如果效果理想，则由省扩展到府，最后再深入到县。通过这种“自上而下，渐次推广”2的方式进行。胡燏棻提出改书院为学堂是三个方案中最激进的一个。不过，当时清廷正忙于甲午战后割地赔款，无暇顾及胡燏棻所提建议。到戊戌改制之前，胡燏棻的方案基本没受到重视。

在四川，经过王闿运整顿的尊经书院，到了1892年学风再度颓废，“宋育仁成为尊经书院山长期间，是尊经书院由盛转衰的转折点。”4书院里甚至还有开设内室部分师生在里面聚众赌博的情况。尊经书院一些教师在讲堂上也是随意讲课，对学生的学业进步毫无帮助。廖平在尊经书院任教时，就曾向时任四川学政的瞿鸿禨建议，希望学政能出台措施对尊经书院的学风加以整顿。虽然经过整顿之后，尊经书院颇有复兴之象，5但书院教师却对廖平怀恨在心而将他排挤出去。此时，尊经书院内部已成为各种权力斗争的场所。书院教书育人的本质逐渐退化，甚至朋党之争也在尊经书院内部产生，这些因素导致廖平被迫辞去书院教职。作为省办的尊经书院情况如此糟糕，四川的地方书院情况可想而知。面对尊经书院颓废局面，有人反思治经与尊经的关系：“经书应尊，但欲借尊经之名，号召学子舍此之外则无他，其不可。”6可见，尊经书院的教育模式已经不符合时代的需要。

科举被废除后，四川官员也希望创办新学堂以保存国粹，培养中学师资。四川都督锡良认为“科举既停，旧有之贡廪增附生，听其废学，殊为可惜”3，他希望四川能创办新学堂，接收这批学子继续学业。存古学堂在各地开办时间不同，但对存古学堂的教学内容和方式的看法，四川官员们却产生分歧。1908年，四川地方官员董清峻指出：“欲保存国学，其事甚难。旧学之士虽多，真有学者本少;其真有旧学者又往往不通新学。”4他感到欲保存国学，首先就必须通西学，不能仅保存国粹而盲目排斥西方文化，如果对西方文化一窍不通，根本不可能实现中学保存与发展。但四川另一位官员戴姜福却认为，西学无助于传承中学。他向总督赵尔巽建议，如果以教科书方式讲授经学，会导致学生不研读经典，不如让学生就诵读《论语》即可。5戴姜福将学堂的教材简化到只需精读《论语》即可，显得有些迂阔。赵尔巽并没有采纳戴姜福的建议，他指出四川“设存古学堂，系为保存国粹，亦即讲求科学之基。”6在赵尔巽看来，存古学堂不仅保存国粹，也要讲求科学。有人认为“今日之学堂，可以造人材，亦可以召世变。大美所在，而大恶随之。”7“大美”是看到学堂培养新式人才的作用。“大恶”则是认为学堂接纳西学，不利于传统学术的发展，体现出川省官员对创办学堂的纠结态度。四川政界和学界就中学、西学如何融入学堂教学而不断争论，这种争论伴随学堂开设始终。四川存古学堂开办以后，学堂教学有关中学、西学、汉学、宋学的区别与争议也一直不曾停止。

四川存古学堂的开办，最终是由四川提学使司赵启霖极力推动。1910年，他呈报存古学堂简章时指出：“川省不及十年，中等以上学堂可任讲经课文之教师，不易觏觅，而升入大学经科、文科、通儒院之资格，更无其人。言念及此，实为隐忧。”8这和张之洞的担忧一样，近代四川同样面临讲授经学的中学师资匮乏，传统学术研习人才断层的窘境，这亦是赵启霖急于创办存古学堂的出发点。

存古学堂选址是一个重要考虑。1907年，四川存古学堂选址在成都城南黉门街四先生祠内。四先生祠祭祀的范镇、范祖禹、张栻、魏了翁四人，都是宋代川籍理学家。近代四川学风败坏，“科举之弊，仍递嬗于学堂之中。所不同者，科举多失之腐陋，学堂多失之浮嚣。”1赵启霖将存古学堂设在四先生祠，是为了显示他对宋学的尊崇，以及对蜀中先贤的尊重。他希望以理学思想整顿近代四川学界的风气。2四川存古学堂专门设置理学课程，也与其他省的存古学堂课程设置有所区别。王闿运主持尊经书院时反对程朱理学，四川存古学堂却将理学设为主课，这是王闿运倡导“经世之学”与赵启霖看重理学教化功能区别所在。这也影响到后来四川国学院的课程设置。国学院课程中理学依然占据较高地位。

张之洞规定存古学堂“毕业拟七年为限。”3但在具体操作中，各地存古学堂的学制标准并不一样。湖北存古学堂学制定为七年，江苏存古学堂有所变通，学生三年即可毕业，如果有愿意深造的学生，可以在学堂继续求学四年。四川存古学堂在学制上，综合了江苏、湖北的办法，学生三年可以毕业，而“仍愿留堂深造者，即仿湖北学制七年毕业。”4四川存古学堂实行弹性学制，毕业期限最多可以为七年，学生根据自身需求，可以选择三年毕业，也可以选择用七年时间深造。

经过1903年癸卯学制改革，高等、专门和实业学堂体制逐步确立。四川通省师范学堂（1905年）和四川通省法政学堂（1906年）、四川通省农政学堂（1906年）、四川藏文学堂（1906年）、四川通省工业学堂（1908年）、四川存古学堂（1910年）等专门学堂应运而生，与四川省城高等学堂等共同构成清末四川高等教育主阵容。

正晚清之际,在西学的冲击下,中学明显失势。四川官绅担忧中国固有文化从此衰微,倡导设立学堂以保存国粹,四川存古学堂遂应运而生。民国建立后,于学堂旧址上,续办国学馆、国学学校、国学专门学校,最终成为国立四川大学的重要组成部分。

1908年江苏省仿照设立。1911年清政府颁布《存古堂章程》，在学制方面另成系统。宗旨是为了培养师范学堂和中学堂的经学、国文、中国历史教员及经科、文科大学的预备生。设经学、史学、词章三门课程。分中等科（修业五年）和高级科（修业三年）。