孙凝晖，1968年3月15日出生于上海市，籍贯安徽省繁昌，计算机系统结构专家，中国工程院院士，中国科学院计算技术研究所研究员、学术所长，中国科学院大学计算机科学与技术学院院长。

1968年3月15日，孙凝晖出生于上海市普陀区，籍贯安徽繁昌。小学和中学就读于安徽省繁昌县。

1985年7月，毕业于安徽省繁昌第一中学（1985年高考繁昌县理科第一名）。

1985年9月—1989年7月，就读于北京大学计算机科学与技术专业大学本科，毕业并获得学士学位。

1989年9月—1992年7月，就读于中国科学院计算技术研究所计算机科学与技术专业硕士研究生，毕业并获得硕士学位。

1992年7月—1997年7月，担任中国科学院计算技术研究所课题组组长。

1995年12月，晋升为副研究员。

1995年9月—1999年7月，就读于中国科学院计算技术研究所计算机科学与技术专业博士研究生，毕业并获得博士学位。

1996年6月—1997年6月，担任美国普林斯顿大学访问学者。

1997年7月—1999年2月，担任中国科学院计算技术研究所智能中心研发部副主任。

1999年3月—2000年2月，担任中国科学院计算技术研究所智能中心研发部主任。

2000年3月—2002年2月，担任中国科学院计算技术研究所高性能计算机室主任。

2000年6月，晋升为研究员。

2002年3月—2005年8月，担任中国科学院计算技术研究所国家智能计算机研究开发中心主任。

2005年9月—2007年1月，担任中国科学院计算技术研究所系统结构研究部主任。

2006年，入选百千万人才工程国家级人选。

2007年1月—2008年1月，担任中国科学院计算技术研究所系统结构重点实验室主任、系统结构研究部主任。

2008年1月—2009年6月，担任中国科学院计算技术研究所所长助理、计算机系统结构重点实验室主任、系统结构研究部主任。

2009年7月—2011年7月，担任中国科学院计算技术研究所常务副所长，计算机系统结构重点实验室主任、系统结构研究部主任。

2009年，获得国家杰出青年科学基金资助。

2011年7月—2016年7月，担任中国科学院计算技术研究所所长（任期5年）。

2011年10月，担任计算机体系结构国家重点实验室主任、学术委员会副主任。

2014年12月—2020年2月，担任中国科学院大学计算机与控制学院副院长。

2015年6月2日，进入中国工程院2015年院士有效候选人第二轮评选。

2016年10月—2020年10月，担任中国科学院计算技术研究所所长（任期5年）。

2017年6月16日，进入中国工程院信息与电子工程学部院士有效候选人第二轮评选。

2019年11月，当选为中国工程院院士。

2020年3月，担任中国科学院大学计算机科学与技术学院院长。

2021年，担任中国科学院计算技术研究所学术所长。

2021年11月，北京交通大学宽带移动信息通信铁路行业重点实验室主任。

2024年3月，北京市人工智能战略咨询专家委员会委员。

孙凝晖开辟了中国用机群架构研制高性能计算机的新方向，系统建立了高通量计算基础理论，机群访存的技术体系；牵头研制了曙光2000到曙光6000三代曙光机群系列高性能计算机，在石油勘探等国家关键行业打破中国国外厂商垄断，并进入众多行业广泛应用。他发展了机群访存的技术体系，还提出了高通量计算的基础理论。

根据2021年4月中国工程院网站显示，孙凝晖先后发表重要论文160余篇。

根据2021年4月中国工程院网站显示，孙凝晖先后以第一完成人获得国家科技进步二等奖4项；2项国际顶级会议最佳论文奖，授权发明专利30项，获1项国家专利金奖。

作为中国科学院大学计算机科学与技术学院院长孙凝晖表示：中国科学院大学践行“硅上做教学”理念，通过打造“一生一芯”计划这种具有贯通性和挑战性的实践课程，来贯通本科阶段计算机系统课程的核心知识点，探索处理器芯片设计人才培养方案。“一生一芯”计划需要学生进行各种探索性的尝试、克服大量技术挑战，才能实现流片目标。

孙凝晖中国高性能计算机领域主要学术带头人之一，为中国发展计算机体系结构技术做出了重要贡献。（中国工程院评）

孙凝晖多年来刻苦钻研，不懈创新，其主持研制的曙光高性能计算机，打破中国国外产品对中国高性能计算机市场的垄断并成为中国国内市场主流产品，为国家信息安全、宇航事业、新兴生物产业等做出了重要贡献。（北京大学新闻中心评）