字叔龙，号云浦，幼即聪敏，八岁时已读完《孝经》、《论语》。年十六，即“慨然以圣贤自期”。年十七，补诸生，馆于孟津，拜洛阳尤时熙为师，读其《拟学小记》，有“濂洛真传俱在于兹”（吕维祺《理学孟云浦先生传》）之感，遂发奋读书。寻应恩诏，选贡成均，与孟秋（字我疆）联会讲学，以道义相砥砺，时号“二孟”。万历八年（1580）进士及第，“时相欲招致，辞不往”。授户部主事，榷税河西务，与诸生讲学。万历十四年（1586），曾奉命至河北、山东赈灾，多有全活。后以建言忤旨，谪吏部文选司郎中。佐尚书孙鑨黜陟，名籍甚。时内阁权重，每铨除必先白，化鲤独否，中官请托复不应，以故多不悦。以阁臣疏救，夺堂官俸，谪杂职，命以原品调外任。不久因言官复交章救给事中张栋，帝益怒，万历二十一年（1592）被削职，斥为民。归里后，大兴书院、讲会，“谭说圣真，炉锤后学”（张维新《刻孟云浦先生集叙》），筑川上书院讲学，与学者讲习不辍，四方从游者恒数百人。其弟子，著名者有：王以悟、上官捷科、张信民等，或以名宦显世，或以理学著名。

孟化鲤以传授阳明心学自任，学者称曰云浦先生。尤时熙曾赞曰：“吾道西矣。”（吕维祺《理学孟云浦先生传》）其一生行事，为高攀龙、冯从吾等所推重。吕维祺称之曰：“在榷则清贪墨之风，在铨则抑奔谒之途，在里则以恬淡古朴为里俗先。……溯源渊者伊洛，为洙泗嫡派，而先生崛起，上接月川之钵，近振西川之铎，程邵之后，一人而已。”（吕维祺《理学孟云浦先生传》）明代后期，阳明心学大盛，然其影响主要在南方，北方为王学者寥若晨星，而以尤时熙、孟化鲤、吕维祺等“洛西三先生”为代表的著名理学家，在洛阳一带大兴讲会，推广阳明之学，使洛阳成为当时王学北传仅有的两个传播中心。三先生中，孟化鲤为尤氏弟子、吕氏之师，在阳明心学北传过程中可以说是一个承上启下的人物。

孟化鲤著述甚富。今存主要著作有《尊闻录》、《孟化鲤文集》、《孟云浦先生文集》。王以悟有《孟云浦先生年谱》。今人孟昭德主编有《孟云浦集》。据《千顷堂书目》记载，尚有《读易呓言》、《春秋正旨》、《孝经要旨》、《理学名臣言行录》、《名儒卓行录》、《诸儒要录》等。据吕维祺《理学孟云浦先生传》又有《焚黄葬冠仪礼注》，惜今皆已不存。