孤店子镇，隶属于吉林省吉林市昌邑区，地处昌邑区西北部，位于松花江西岸，东与经济开发区九站乡接壤，南与船营区相连，西与桦皮厂镇毗邻，西北与新胜相接，北与土城子乡交界，距吉林市区25千米，区域总面积71.4平方千米。

清嘉庆二十五年（1820年），设孤店子屯。

1949年，孤店子屯改孤店子村。

1956年，孤店子村改孤店子乡。

1958年，属九站公社。

1984年，设立孤店子镇。

2011年末，孤店子镇下辖孤店子、工人、粮库、松滨4个社区，孤店子、永丰、小巴虎、红卫、四台子、大荒地、红光、曹家、孤家子、张家店10个行政村。

截至2020年6月，孤店子镇下辖1个社区、10个行政村：稻香温泉社区、孤店子村、红卫村、红光村、永丰村、孤家子村、大荒地村、曹家村、小巴虎村、四台子村、张家店村，镇人民政府驻民航路9号。

孤店子镇地处昌邑区西北部，位于松花江西岸，东与经济开发区九站乡下洼子接壤，南与船营区大、小红土村相连，西与桦皮厂镇的永胜、东胜两村毗邻，西北与新胜相接，北与土城子乡油坊村和大巴虎村交界，距吉林市区25千米，区域总面积71.4平方千米。

孤店子镇境内属平原地区，地势南高北低，西南部有极少部分是丘陵。

孤店子镇四季分明，春季干旱，夏、秋季多雨，冬季漫长而寒冷；年平均气温4.3℃，无霜期年平均140天；年平均降水量约740.9毫米左右。

孤店子镇有鳖龙河从境内北部经过，流经境内5千米，流入土城子乡后进入松花江；鳌龙河流经镇区河槽最宽处15米左右，最窄处7米，河床深3—5米，径流深度140—150毫米，最高水位6.63米。

孤店子镇主要自然灾害有冰雹、干旱、洪涝、大风、低温、霜冻、雷击等；雹灾平均10年1遇，局部地方遇到过1次大的；大的旱情基本上没有发生过；1993年8月12日张家店、巴虎村遭受暴风、冰雹的袭击，造成的损失总计930万元。

孤店子镇境内地下主要有地热资源和少量的石油、天然气资源，地热资源在1987米以下，深岩层的地下热水为长白山源水，温泉出水温度62℃。

2011年末，孤店子镇总人口22261人，其中城镇常住人口1383人，城镇化率6.2%；以汉族为主，达17238人，占77.4%；有满、朝鲜、蒙古、回等少数民族，共5023人，占22.6%，其中满族2506人，朝鲜族2429人，蒙古族45人，回族43人。2011年，孤店子镇人口出生率4.35‰，人口死亡率4.1‰，人口自然增长率0.25‰，人口密度为每平方千米312人。

2017年末，孤店子镇常住人口为20056人。

截至2018年末，孤店子镇户籍人口为23426人。

2011年，孤店子镇财政总收入1066万元，其中地方财政收入666万元，增值税400万元。

2018年，孤店子镇有工业企业34个，其中规模以上2个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市15个。

2011年，孤店子镇有耕地面积7.7万亩，人均3.7亩。孤店子镇粮食作物以水稻、玉米为主。2011年，孤店子镇生产粮食5.4万吨，其中水稻5万吨，玉米0.4万吨。孤店子镇畜牧业以饲养生猪、家禽为主。2011年，孤店子镇生猪饲养量0.9万头，年末存栏0.2万头；家禽年饲养量102.3万羽。

2011年，孤店子镇存款余额为9173万元，各项贷款余额1570.49万元。

2011年末，孤店子镇有幼儿园6所，在园幼儿356人，专任教师56人；小学3所，在校生1098人，专任教师94人，小学适龄儿童入学率100%；初中1所，在校生318人，专任教师61人；初中适龄人口入学率、小升初升学率、九年义务教育覆盖率均达100%。

2011年末，孤店子镇有文化站1个，村文化活动大院10个；有文化专业户8个；有图书室14个，藏书8万余册；音乐、美术、书法、摄影及文学业余创作队伍成员20余人。2011年末，孤店子镇有学校体育场地3个；经常参加体育活动的人员占常住人口的18%。

2011年末，孤店子镇有各级医疗卫生机构1个；病床28张，每千人拥有医疗床位1.3张；专业卫生人员36人，平均每千人拥有卫生技术人员1.6人。2011年，孤店子镇医疗机构（门诊部以上）完成诊疗7300人次。

2011年，孤店子镇城镇最低生活保障户数为96户，人数155人，支出38.25万元；农村最低生活保障户数781户，人数956人，支出317.44万元；国家抚恤、补助优抚对象44人，抚恤事业费支出563237元；有敬老院1家，床位120张，收养农村五保33人。

孤店子镇境内有长（春）图（们江）铁路经过境内并设站，长吉北钱、吉孤公路经过境内。

孤店子镇因清嘉庆二十五年（1820年）时，建屯时有家店铺而得名孤店子。

神农庄园

神农庄园位于大荒地生态村，占地5万平方米，建筑面积2.3万平方米，主体项目有神农博物馆、教育基地、假日宾馆、温泉度假村、休闲中心、高科技采摘园。

大荒地生态农业观光园

大荒地生态农业观光园于2008年建立，庄园占地面积14万平方米，建筑面积11万3000平方米，内设农业生态示范种植观光采摘园、大荒地民俗生态旅游村、神农家园、水上世界、神农博物馆、地热深水井、吉林陨石雨坑、奉士河及奉士河雾凇观赏点等21个项目。