学院哲学是日本近代官方哲学。以东京帝国大学和京都帝国大学的哲学系为中心而形成，与大学以外的民间哲学相对。1886 年，明治政府发布《帝国大学令》，把东京大学改为东京帝国大学，扶植该校的哲学系，使之成为带官方性质的哲学教研中心，标志学院哲学的确立。1906 年，京都帝国大学也设置哲学系，成为与东京帝国大学并立的又一哲学教研中心，使学院哲学的发展进人繁荣时期。

1918 年的学制改革，规定所有帝国大学都须设置哲学系、使学院哲学成为遍布全国的思想理论系统。学院哲学最初以移植西方哲学，尤以康德到黑格尔的德国唯心论哲学为主，同时接受新康德主义、生命哲学、现象学、存在主义以及其他西方现代哲学流派。形成日本近代唯心论哲学体系。学院哲学把德国哲学作为楷模，聘请德国人任哲学教授，并向德国派出许多官费留学生。这些人回国后成为学院哲学的核心。