南京地铁S6号线（又称宁句线），工程名为“南京至句容城际轨道交通工程”，是南京地铁第11条建成的地铁线路，也是南京地铁第一条开通的跨市域地铁线路，于2018年12月21日开工建设，于2021年12月28日通车运营，标志色为丁香色。

；11月17日，南京至句容城际轨道工程环境影响评价第一次公示。

2018年3月12日，南京地铁S6号线举行工程可行性研究报告评估会；3月26日，南京地铁S6号线（南京至句容城际轨道交通工程）环境影响评价第二次公示；7月23日，南京地铁S6号线（南京至句容城际轨道交通工程）环境影响评价全本公示；9月10日，江苏省环保厅（今江苏省生态环境厅）批复南京地铁S6号线（南京至句容城际轨道交通工程）环境影响报告书；10月23日，江苏省发展和改革委员会批复南京地铁S6号线（南京至句容城际轨道交通工程）可行性研究报告；12月20日，江苏省发展和改革委员会批复南京地铁S6号线（南京至句容城际轨道交通工程）初步设计；12月21日，南京地铁S6号线开工建设。

2019年1月28日，南京地铁S6号线试桩开打；3月4日，南京地铁S6号线句容段五大工区全面动工；5月15日，南京地铁S6号线句容段首片U型梁浇筑；7月30日，南京地铁S6号线首个地下车站主体结构基坑开挖条件通过验收；8月20日，南京地铁S6号线句容段3个高架车站主体桩基完成；11月23日，南京地铁S6号线首台盾构机始发。

2020年4月14日，南京地铁S6号线“奋进4号”盾构机始发；5月7日，南京地铁S6号线句容段车站命名公示；6月20日，南京地铁S6号线首个盾构区间贯通；7月20日，南京地铁S6号线南京段首个盾构区间单线洞通；8月17日，南京地铁S6号线南京段车站命名公示；9月22日，南京地铁S6号线电气化工程开工，线路供电系统接触网安装进入全面施工阶段。

2021年5月6日，南京地铁S6号线首批变电所工程及环网电缆通过送电前验收；6月14日，南京地铁S6号线完成轨道放线作业车调运工作；8月15日，南京地铁S6号线完成全线接触网送电及热滑试验；9月1日，南京地铁S6号线系统设备工程通过工程验收；9月6日，南京地铁S6号线通过项目工程验收；9月10日，南京地铁S6号线进行不载客试运行；12月2日，《关于加强跨市域轨道交通运营和执法管理若干问题的决定》获批；12月10日，南京地铁S6号线通过竣工验收；2021年12月28日，南京地铁S6号线通车运营。

2024年7月9日，陕西省商洛市委市政府、江苏省及南京市发改委在南京地铁S6号线马群站隆重举行“商洛超级品牌列车”发车仪式。

南京地铁S6号线西起马群站，出站后线路沿南京—杭州公路（122省道）南侧向东敷设，下穿南京绕城高速公路与仙宁铁路，经过百水桥，出麒麟街道后下穿南京绕城高速公路，上跨京沪高速铁路，再穿青龙山，上跨南京—杭州公路，沿汤泉西路南侧向东敷设，并在黄栗墅服务区南侧由路南转向路北，沿上海—成都高速公路南侧敷设，向东由高架转为地下，拐向圣汤大道敷设，下穿南京—杭州公路后由地下转为高架，沿南京—杭州公路（122省道）南侧敷设，经黄梅、黄金坝，沿宝华山路路中敷设，过肖干河转向南进入长江路，过杨塘路后，逐渐由高架转为地下，沿东昌北路、东昌中路敷设，至华阳东路路口，折向西南沿宁杭南路敷设，在二圣路南侧设终点站句容站。

截至2018年6月，南京地铁S6号线计划采用大小交路的运营模式，其中大交路为马群站往返句容站，小交路为马群站往返黄梅站。

截至2021年3月，南京地铁S6号线计划采用快慢车结合的运营模式，设置越行线，快车在客流相对较小的车站通过不停车。

南京地铁S6号线为南京市轨道交通系统内首条采用“跨城”运营的线路。线路由《关于加强跨市域轨道交通运营和执法管理若干问题的决定》指导运营，其中车厢内管理权限由轨道交通经营单位行使，南京市、镇江市分别依法授权、强化制度对接，实现列车车厢内执法主体、行为规范和管理标准的统一。

南京地铁S6号线设句容车辆基地，由车辆段、综合维修中心、物资库组成；基地定位为大架修基地，承担本线、南京地铁12号线和南京地铁13号线车辆的大架修任务，同时承担本线列车的定修、临修及停放车辆的三月检、双周检、列检、停放和洗刷清扫等日常维修和保养任务及车运行中出现事故时的救援工作，并预留1列位线网维修冗余能力。

南京地铁S6号线采用直流1500伏架空接触网受电。

青龙山隧道位于南京市江宁区，北侧距南京—杭州公路（122省道）与汤山相望，隧道总长度约1061.7米。隧道明洞段位于矿坑整治回填区，回填材料种类繁多；暗埋段地层变化多样，岩面起伏，施工作业难点多。

南京地铁S6号线包含两座节点桥，分别为五跨连续刚构桥及矮塔斜拉桥。其中上跨南京—杭州公路（122省道）的矮塔斜拉桥施工体量大，施工工艺复杂；五跨连续刚构桥为变截面非对称预应力桥梁，其曲线梁的结构特征使得结构内力和变形的不对称，施工难度大。

南京地铁S6号线沿线外部环境复杂，限制条件较多，需上跨和下穿南京—杭州公路（122省道）、南京绕城高速公路、仙宁铁路，沿线有青龙山、汤山等丘陵山脉，同时线路位于宁镇山脉内，沿线地质环境复杂，存在地质风险。

南京地铁S6号线汤山镇站至汤泉西路盾构区间紧邻汤泉水库，线路侧穿汤泉水库和水库大坝，中国国内没有建设经验参考，侧穿水库段主要地层为破碎中风化闪长玢岩，该地层裂隙发育，盾构掘进会扰动周边土体，可能导致裂隙增加或扩大，形成水系通道，造成坝体危险。

南京地铁S6号线部分列车采用南京都市圈“宁句号”主题列车，采用特色彩绘外观和内饰，展现宁句特色。

据2021年6月中华人民共和国国家发展和改革委员会印发的《长江三角洲地区多层次轨道交通规划》，南京地铁S6号线西端规划延伸至南京农业大学，东端规划延伸至茅山。

南京地铁S6号线将成为南京都市圈城市融合共荣的突破，进一步密切南京与镇江句容之间的互联互通，加速了“一小时都市圈”的形成，也将推动南京的省会城市功能和中心城市首位度提升，促进南京、镇江两市企业和群众的创新资源、平台资源、政策资源以及公共服务资源共享，推动区域发展。（时任南京市市长 蓝绍敏 评）

南京地铁S6号线打破行政边界，首次在江苏省内构建了跨市域的市域郊轨道层次，并且向上与城际线路在句容高铁站融合；向下与城市轨道交通、公交等在马群枢纽衔接；弥补了南京都市圈东部市域郊轨道层级的缺失。线路的开通，不仅拉近了南京城区与句容城区的时空距离，也拉近了两地的心理距离，为南京、镇江进一步深度融合、生产要素进一步自由流动提供了畅通的渠道。（时任南京地铁集团有限公司规发部部长杨树才 评）

南京地铁S6号线是南京都市圈城际轨道交通线网中东部的一条重要线路，该线路建成通车后，可以快速连接南京和紧邻的句容市，是南京都市圈核心区域与句容市城际客流的主要通道，对促进南京都市圈的实质形成，加强中心城区、麒麟高新区、汤山新城、句容的联系，引导沿线开发具有重要作用。（《东方卫报》评）

南京地铁S6号线的开通构建了南京都市圈综合交通体系，在丰富南京句容两地人民的生活内涵的同时，助推枢纽经济的提档升级，加速了两地之间的融合发展。（《新华日报》评）

2023年11月，南京至句容城际轨道交通工程(马群至东郊小镇段、汤泉西路至句容段）入选“2022～2023年度第二批中国建设工程鲁班奖（国家优质工程）”。