省政府明确安徽省中医药科学院隶属省教育厅管理，接受省科技厅、省卫生厅业务指导。要求省教育厅要加强对安徽省中医药科学院组建工作的指导，着力优化资源配置，创新管理体制机制，推动建立符合中医药特点的科技创新体系和考核评价体系；要求
安徽中医学院、安徽省中医药科学院要加快与国家中医临床研究基地等现有资源的整合，完善基础条件，健全运行机制，加强科学研究，不断提高科技创新水平和成果转化能力，为促进我省中医药事业和中药产业发展做出贡献。
安徽省中医药科学院的成立，将更加有利于全省中医药资源的整合，构建全省性中医药科技创新平台，进一步提高我省中医药科技创新水平；将更加有利于发挥我省新安医学优势，加大对临床常见病、多发病、疑难病的研究，进一步提高中医药防病治病的水平和能力，健全安徽省医疗卫生保障体系；将更加有利于充分利用我省中药资源和市场优势，研究开发出一批具有自主知识产权，高附加值，安全、稳定、高效的现代中药产品，实现中药产品结构调整优化和产业升级；将更加有利于校内外科技资源的充分整合，发挥全省中医药人才、技术、平台优势，加快中医药科技创新人才的培养，促进中医药创新成果转化和产业化，为安徽崛起做出更大的贡献。
2012年5月28日上午，安徽省中医药科学院在安徽中医学院（现
安徽中医药大学）正式成立，副省长谢广祥出席揭牌仪式，向中医药专家颁发聘书，为科学院揭牌，并在省直有关部门及合肥市负责同志陪同下，深入安徽中医药大学新校区建设工地现场调研指导。