安徽省农垦事业管理局是省政府直属的事业单位（正厅级），授权行使对全省农垦系统的行政管理职能。

(一)贯彻执行国家和省有关方针、政策及法律、法规；拟定全省农垦经济与社会发展战略和体制改革方案；发挥农垦系统在全省农业产业化、农业市场化、农业现代化和农场城镇化方面的示范带动作用。

(二)拟定农垦经济中长期发展规划及年度计划，并组织实施；负责农垦经济结构调整和农垦资源的保护及合理开发利用；加强全省农垦社会化服务体系建设。

(三)会同有关部门批准农垦系统企业的资产经营形式；决定国家与农垦系统企业间财产收益分配方式；管理直属农牧场和所属单位国有资产，并承担保值增值责任；依法管理直属农牧场土地资源及开发利用。

(四)协调农垦系统体制改革、经济发展与社会事业有关政策的落实和对外关系。

(五)负责全省农垦系统财务、会计、统计工作；发布农垦社会经济信息，指导农垦系统信息体系建设；负责直属企事业单位审计和会计监督。

(六)编制上报农垦系统固定资产投资和专项投资计划并监督实施；制定农垦系统技术改造规划、计划；负责农垦系统重大投资建设项目申报。

(七)制定全省农垦系统农、林、水、牧、渔、农机各业生产发展规划；组织直属农牧场产业结构调整与农业开发；指导农垦产业化和生态环境建设。

(八)制定农垦工业、第三产业发展措施并负责指导实施；指导垦区农产品流通体制改革、市场体系建设和农垦企业管理。

(九)制定农垦系统科研、技术推广及队伍建设发展规划；组织农垦各行业科研课题技术攻关和科研成果鉴定、报奖、推广，推动企业技术进步。

(十)组织农垦系统对外经济交流与合作。

(十一)负责直属企事业单位领导班子建设和场处级干部任免；管理或指导直属单位人事、劳动和机构编制工作；负责系统劳模评选、推荐、表彰和老干部工作；负责局机关和有关直属单位党群工作。归口管理直属农牧场社会保险工作。

(十二)承办省政府交办的其他事项。

省农垦局机关共设12个职能处室：办公室、农水处、农业产业化处、土地建设规划处、经济开发合作处、对外经济贸易处、财务处、资产管理经营处、组织人事处、社会事业处（离退休人员工作处）、审计处和监察室。省农垦事业管理局系经济建设与社会事业同步发展的综合性系统，与安徽省农垦集团有限公司系一个机构、两块牌子、一套班子。