医学科学研究院的前身是安徽省医学科学研究所，承担了流行病、病毒性传染病、老年性疾病等严重威胁人类健康的重大疾病的多项攻关项目，曾首次在国内从人血清中成功分离
流行性出血热病毒，对流行性出血热疫情的控制起到至关重要的作用。
安徽省医学科学研究院主要任务是承担全省基础医学和应用医学研究工作，目前在中药和天然药物有效成分提取、分离和筛选研究；抗衰老、活血化瘀、心血管药物的药理研究等方面，居全省领先水平。
2022年11月，安徽医学高等专科学校托管安徽省医学科学研究院暨安徽省医学科学研究院党总支负责人任职大会在安徽省医学科学研究院七楼会议室召开。安徽医学高等专科学校将托管安徽省医学科学研究院。