始于欧洲16世纪基督教自上而下的宗教改革运动，通常指1517年马丁·路德提出《九十五条论纲》，到1648年《威斯特伐利亚和约》的出台为止的欧洲宗教改革运动。该运动奠定了新教基础，同时也瓦解了天主教会所主导的政教体系。该运动打破了天主教的精神束缚，为西欧资本主义发展和多元化的现代社会奠定基础。宗教改革期间，代表人物包括：马丁·路德、约翰·加尔文、约翰·卫斯理等。

15世纪后半叶，随着欧洲资本主义的产生和发展，封建主义走向崩溃，作为中世纪封建统治精神支柱的罗马教廷亦开始衰落。在英国、法国和西班牙，中央政府权力上升。君主们试图通过控制教会神职的任命来削弱教会的竞争力，以及限制钱财流入罗马。欧洲各主权国家开始摆脱教皇控制。西班牙自斐迪南与伊沙贝拉的联姻而统一后，逐步实现教会国家化，使西班牙教会成为当时欧洲最富独立性的天主教会。法国也成为中央集权的君主国家，将教会置于君权控制之下，英国自亨利七世到亨利八世时 (1485-1547)，以基督教国教化为开端，开始步入脱离罗马教廷的进程。自神圣罗马帝国以来，德国从未形成统一的中央政权。宗教改革前夕，所谓帝国不过是个松散的联邦，政治上的不统一，致使它仍被教皇所控制，受教廷的经济剥削和压迫尤深。

16世纪初期，教会在各方面都急需净化与改革。阿维尼翁教皇和天主教会大分裂使教皇威信大大下降，长达200年的十字军东征以及残忍的异端裁判所，显示了教皇的谬误。文艺复兴时期，教皇生活得更像世俗君主，而非精神领袖。作为教皇国的统治者，他们也卷入了战争和政治阴谋的漩涡。他们有关政治和艺术的计划（如意大利著名艺术家对梵蒂冈的装饰和对圣彼得大殿的装修）耗资巨大。罗马教皇为弥补耗尽的财政库，经常出售职务聚敛钱财。为维持教廷庞大的经济开支和高级教士奢侈的生活，教会设立名目繁多的税收，除赎罪券外，还有什一捐、特别捐、特赦捐等等。教阶制使高级教士与低级教士间、教士与信徒间的差别日益扩大。大部分的主教出身于贵族家庭，因而几乎不与百姓来往。在许多地方，世俗君主已经控制了主教任命权和其他教会公职的处置权；反过来，他们再利用职权去回报有利可图的亲戚和朋友。神圣罗马帝国的有些主教府也是亲王官邸，于是，教俗权力集于一身的主教统治着辽阔的疆域。主教和牧者即使没有履行牧养职责，也有着多重“俸禄”，甚至不用居住在该区。因为，主教很少投入精力关心堂区具体情况，反而堂区由一些未受过正式教育且得不到很好生活补助的助理司铎们来照管。独身生活恪守不利，神职人员同居或拥有民法妻子的现象也很普遍。隐修院也纪律松弛。特别是教区司铎忽视讲道。盛行的宗教信仰经常夹杂一些迷信色彩以及对神学的误解。教皇拥有极大的权力和财富，高级教士享有极高的社会地位，德国的7个选侯中有3人是大主教。

文艺复兴为宗教改革打下思想基础。人文主义运动向中世纪权威发出挑战。人文主义者如伊拉斯谟，致力于办学，印行《圣经》和古教父著作，希望通过开拓新的学习领域达到改革社会、恢复基督教会统一的目的。虽然他们不曾对传统的基本教义提出质疑，甚至为了维护传统的教会结构，还反对脱离正统教会的分裂活动。但通过对原始基督教的研究，他们认识到，当代教会的教阶制、神职人员世俗化、经院哲学的烦琐争论等，都背离了基督教的原始教义，是基督教面临崩溃的征兆。少数思想家曾大胆向传统观念开战，如《圣经》学者威索尔首次提出，《圣经》的权威在罗马教皇之上，只有上帝才能赦罪，人只能靠信心，通过与上帝的直接交往而得救。在这一神学观点中，神权和教会有形组织的地位被大大降低。马丁·路德赞赏威索尔的学说，并于1522年将其发表，成为宗教改革基本教义的蓝本。14-15世纪，《圣经》已被译成数种语言，加以印刷术的发明和应用，更多的人可以直接阅读《圣经》，客观上有利于宗教改革思想的传播。

在教会内部，分裂的倾向早已存在。如中世纪的阿尔比派、鲍格米勒派、韦尔多派等异端教派，虽然都被镇压，但在基督教历史上起了改革先驱的作用。14世纪英格兰的威克里夫和罗拉德派，15世纪波希米亚的胡斯派对宗教改革更有直接的影响。

宗教改革发端于德国。1517年利奥十世派台彻尔去德国兜售赎罪券。是年10月31日，路德在威登堡教堂门前贴出反对销售赎罪券的《九十五条论纲》，从而揭开了宗教改革的序幕。1520年利奥十世发布《斥马丁·路德谕》，限路德于60天内改变立场。路德公开烧毁教皇通谕，并相继发表《关于教会特权制的改革致德意志基督教贵族公开信》等3篇文章，阐明其神学见解和政治纲领。1521年德皇查理五世召路德到沃尔姆斯帝国议会受审。因路德拒绝放弃其主张，查理五世乃发布《沃尔姆斯敕令》，判路德为异端。路德开始宗教改革之初，得到闵采尔（Thomas Műntzer）的积极支持。1524年闵采尔领导的群众运动已形成反抗贵族和教会统治的农民战争，但路德却站在维护统治阶级利益的立场，发表《为反对叛逆的妖精致萨克森诸侯书》，称闵采尔为“妖怪和魔鬼”，请求诸侯用武力镇压。1524-1525年德国大规模农民起义失败后，路德对人民完全失去信心，寄希望于贵族，德国的宗教改革逐渐被诸侯所利用。

1529年查理五世在斯拜尔召开帝国议会，重申《沃尔姆斯敕令》，企图根绝宗教改革运动，恢复天主教势力。支持路德派的诸侯群起抗议，此即新教徒被称为“抗议者”的由来。由路德和梅兰希顿等人共同起草的《奥格斯堡信纲》被议会拒绝。查理五世还限令路德派在一年内放弃其信条，否则将以武力讨伐。为抵抗教皇和德皇的镇压，德国北部，中部、南部的新教诸侯组成施马加登联盟（League of Schmalkalden），天主教诸侯也结成纽伦堡联盟（League of Nuremberg）与之相抗衡。1552 年路德派诸侯在法国支持下，打败查理五世，1555年双方缔结《奥格斯堡和约》。这一合约的签署标志着路德宗的正式确立。它基本上依照领地教会的原则，即“教随王定”。

宗教改革在德国爆发，迅速波及西欧各国。在新兴资产阶级势力较强的地区，如瑞士、尼德兰、法国南部，宗教改革以群众运动方式进行，因而比较彻底。在封建势力强大的中央集权君主国家，如英格兰、北欧各国，一般是自上而下进行改革，国王取代教皇成为教会首脑，削弱教廷的地位，建立独立自主的国家教会。

瑞士 苏黎世和日内瓦是瑞士宗教改革的两个中心。瑞士宗教改革家茨温利得到苏黎世市议会的支持，领导瑞士东北各州教会进行改革。1531年茨温利在抗击天主教林区五州联军的进攻中，于卡匹尔阵亡。此后茨温利派逐渐与加尔文派合流。法国的加尔文则在日内瓦进行改革。1536年加尔文发表《基督教要义》，1541年加尔文在日内瓦建立政教合一的共和政权，并受市议会委托，领导起草教会典章制度，废除主教制，建立长老制。是为归正宗的由来，1566年前后，原先接受茨温利主张的各州全部接受加尔文主义，两派合一。

16世纪法国建立了中央集权的君主专制制度，在一定程度上摆脱了教廷的控制，但仍坚持天主教信仰，反对宗教改革，法兰西斯一世与西班牙之间经常发生战争，同时还要与德皇查理五世斗争，因而采取支持德国新教诸侯的策略，对法国境内新教徒的迫害也相应减轻，1534年法国又开始镇压新教徒，加尔文逃亡瑞士，但其学说仍继续在法国传播，并得到南部贵族的支持。迄1559年法国有49处加尔文派教会，同年举行全国大会，正式确认加尔文信条。法国新教徒被称为胡格诺派，1562-1598年胡格诺派和天主教势力间爆发了一系列战争。1589年亨利三世去世，法国天主教贵族不接受胡格诺派的亨利四世为王位继承人，亨利四世被迫于1593年重归天主教，1598年亨利四世颁布《南特敕令》，规定天主教为法国国教，给予胡格诺派信仰自由和政治平等权利，内战结束。法国成为首先对新教宽容并实现民族统一与宗教差异并存的国家，1610年亨利四世被狂热的天主教徒刺杀，胡格诺派处境恶化。1615-1625年胡格诺派曾举行起义，均遭失败。南特敕令于1685年被取消。

1531年，亨利八世强迫英国宗教会议宣认他是英国教会“唯一至高无上的主，而且是照基督律法的许可，甚至是最高首脑。”。1533年国王亨利八世禁止英格兰教会向教廷缴纳岁贡。次年，促使国会通过《至尊法案》（Acts of Supremacy），规定英格兰教会不再受制于教皇而以国王为英格兰教会的最高元首，并将英格兰教会立为国教。其后，这项改革运动又得到爱德华六世的支持，玛丽一世曾重修英格兰与教廷的关系。1558年伊丽莎白一世即位，将英王作为“最高首脑”称号改为“最高管理人”。1559年，英国建立以坎特伯雷大主教为最高宗教领袖的主教团。1563年英国国会通过《三十九条信纲》，标志着自上而下发动的宗教改革的完成，圣公会最终形成。伊丽莎白在教义上容纳某些新教观点，而在组织制度、礼仪等方面尽量保留天主教旧制，从而避免了法国、德国发生过的宗教战争。但加尔文派新教徒不满足于伊丽莎白“不彻底的改教”，要求清除国教会中的天主教残余，发起了以“纯洁教会”为号召的清教徒运动。1643-1648年长期国会召开的威斯敏斯特会议，以清教徒为主，还有苏格兰长老会的代表。会议根据加尔文派教义制订《威斯敏斯特信纲》，统一英格兰、苏格兰和爱尔兰的宗教信仰，废除主教制，采用长老制。1647年苏格兰教会正式接受《威斯敏斯特信纲》。该信纲后成为英语世界归正会的基本信条。在国王与国会的内战中，克伦威尔领导的国会军队获胜，查理一世以叛国罪被处决。克伦威尔是清教徒，出于政治上的需要，比较接近独立派教会；在其统治时期，虽承认国教会的存在，但对主教制与长老制同样予以摒弃。1660年斯图亚特王朝复辟，查理二世全面恢复英格兰国教会原有的典章制度，1662年颁布的《加拉登法典》，以伊丽莎白时代的《公祷书》为蓝本，作少量修订；并规定所有教士必须公开赞成和拥护该书；凡未经祝圣的教士，必须履行主教祝圣的仪式，还要对国教会宣会效忠。结果导致约2000 名长老会、浸信会和独立教派的教士被驱逐，清教徒与国教会最后决裂，形成所谓“不奉国教者”。

1536年荷兰天主教神父门诺脱离天主教会，加入再洗礼派。再洗礼派闵斯特公社起义失败后，门诺在荷兰组织门诺会，获得很大发展，1540年以后，西班牙入侵，爱国的新教徒不满于门诺会和平主义的教义，纷纷加入加尔文派，1550年查理五世颁布被称为“血腥诏令”后，尼德兰新教徒不断受到迫害，1556年腓力二世继承西班牙王位，力图强化对尼德兰的控制，迫使尼德兰与西班牙在政治和宗教上完全划一，人民群起反抗，1566年在尼德兰中部的佛兰德尔爆发了大规模的圣像破坏运动。在奥兰治大公威廉领导下，以宗教改革为旗帜的反抗西班牙统治的革命取得了胜利，1581年尼德兰北方数省成立荷兰共和国，成为欧洲第一个资产阶级共和国。

苏格兰于1667年国会通过由诺克斯起草的加尔文主义信条，归正宗成为苏格兰的国教。1536年丹麦正式接受路德派教义。1527年瑞典建立路德派的国家教会。芬兰当时隶属于瑞典，也随之接受新教。1554年立陶宛和爱沙尼亚分别成立路德派教会。到16世纪中叶，路德派教会在北欧占据了优势。胡斯派于1457年组成波希米亚弟兄会，在民族教会内部实行改革，否认天主教会的权威，要求恢复基督教的纯洁性，取消等级，建立共同生活的基督化社团等。15世纪后半叶，该会在波希米亚和摩拉维亚有很大发展，成为推动改革的力量，16世纪中叶被逐出波希米亚后，以摩拉维亚为中心，称摩拉维亚弟兄会。法国的再洗礼派流亡摩拉维亚，1533年成立以赫特为首的赫特派教会；17世纪被迫迁往捷克。1573年波兰通过《华沙协定》，允许天主教、路德派、加尔文派、波希米亚弟兄会并存。

由于天主教反宗教改革的影响，新教未能在南欧主要天主教国家西班牙和意大利取得进展。

宗教改革运动通常被认为是现代世界的开始。伴随文艺复兴运动，科学革命，欧洲人发现美洲大陆，宗教改革运动改变了西方世界的认知。宗教改革运动最明显的后果是导致西方基督宗教的分裂以及各分裂教派间长期的误解和敌意。从积极方面来看，宗教改革对教会生活进行了必要的净化，对教义给予了必要的澄清。宗教信仰变得更加个人化，也更私人化。天主教和新教两者都进行了灵修的革新，都强调人内在地与上帝相遇。宗教文化从根本上得到改变。新教引入了会众的咏唱，天主教灵修在巴洛克艺术和音乐方面得以体现。

世俗文化也受到影响。路德的《圣经》翻译深刻影响了德语的发展。他宣讲的每个人直接被上帝召叫，影响到平信徒文化的出现，与神圣领域分离。教权衰落和教会财产的丧失促成欧洲新的民族国家的建立和加强。宗教改革动摇了天主教会的神权统治，改变了政教合一的局面。

实行宗教宽容或宗教自由是宗教改革的重要成果之一。自4世纪基督教成为罗马国教以来，各个时期占统治地位的正统教会对所谓异端一直采取敌对、镇压的政策。新教的路德宗和归正宗对所谓异端也都不予宽容。路德本人虽然反对在信仰问题上使用暴力，但后来他实际参与了对再洗礼派的迫害；加尔文甚至走得更远。宗教改革后期，新教各派的做法有所改变。多次宗教战争之后缔结的和约均规定天主教、新教以及新教的路德宗和归正宗并存，享受同等的信仰自由和政治权利。这标志着宗教迫害的旧时代的结束。16世纪末对异端处以死刑的事例已近绝迹。良心自由原则在宗教战争中的必然妥协中显露出来。

由于受人文主义的影响，新教更重视人的个性与现世生活，宣传民主思想。继文艺复兴之后，宗教改革进一步冲击了神学对科学和自由思想的禁锢，使文学、艺术、科学、哲学、教育等领域发生深刻变化。

新教重视普及教育，把办学作为传教的手段之一。路德主张在所有城镇农村设立公费学校，强制儿童接受义务教育，既学习宗教，也学文化。梅兰希顿开创分级教学法，编写大量课本。他在威登堡、斯特拉斯堡、日内瓦等地创办的学校成为新教学校的典型。这一时期的学校教育打破以宗教和经典著作为主的拉丁学校传统，引进自然科学和其他学科，注意改进教学法。被西方称为“近代教育科学之父”的捷克教育家夸美纽斯在1632年出版的《大教学论》中提出从家庭到大学，从城市到农村一整套教育体系。

新教提倡用通俗的民族语言讲道，大量发行各种宣传品，形式多种多样，文字浅显易懂，有力地促进了方言文学的发展。在宗教文学方面，除路德翻译的德语《圣经》、詹姆士王钦定本英语《圣经》外，加尔文的《基督教要义》、克兰麦的《公祷书》等也都被视为经典名著。宗教文学的发展促进了民族文学的繁荣，有大量优秀文学作品问世，出现了拉伯雷、莎士比亚、密尔顿、塞万提斯等伟大作家。

艺术方面，形成以豪华、夸张为特点的巴罗克艺术风格。罗马圣彼得大堂和圣彼得广场的精美装饰就是巴罗克风格大师贝尔尼尼的杰作。鲁本斯、伦勃朗等画家创作了大量以人文主义手法表现宗教题材的绘画。中世纪天主教会已有供信徒唱的圣诗，但应用不广。新教强调信徒直接和上帝交往，会众唱诗在礼拜仪式中占较大比重，因此圣诗创作大量涌现。宗教改革初期，新教沿用天主教的圣诗音乐，路德曾将拉丁语圣诗译为德语，又亲自创作了不少圣诗。1524年第一本新教圣诗集出版，16世纪末已形成新教特有的圣诗。

在天主教会内，对基督教新教的反对经常导致保守狭隘的观点。由于对异端的担心，教会要求神学上的统一，失去了初期教会神学多样化的特征。权威得以强化，教会日渐形成以罗马为中心的组织结构。同时，天主教逐渐吸收了许多基督新教改革者的积极观点，现代也认可了这些认识的某种贡献。梵蒂冈第二届大公会议明确指出“教会一直需要革新”。