《宝可梦不可思议的迷宫：时之探险队·暗之探险队》是宝可梦动画的特别篇，由OLM Team Ota负责制作，于2007年9月9日在日本的“宝可梦☆星期天”播映，为纪念《宝可梦不可思议的迷宫：时之探险队·暗之探险队》发售而制作。

继《宝可梦不可思议的迷宫：进取队出动！》，本作再次以不可思议的迷宫系列改编，里面的宝可梦都会说人类的语言。一个小男孩变成了波加曼，和小火焰猴组成胖可丁手下的探险队而展开救难的冒险。他们在向日花怪协助下完成了首次冒险。

这里是只有宝可梦居住的世界，宝可梦们在这个世界上能够说话。由人类变成波加曼的男孩，与憧憬着探险队的小火焰猴萍水相逢。于是故事开始了。然后，各种各样的谜团正等待着他们。不可思议的冒险，即将拉开序幕……

森林蜥蜴偷了一个时之齿轮，随着时间的推移，相关的大块地区正常的时间流动就会被打乱。与此同时，小火焰猴渴望加入胖可丁的公会建立一支探险队。 当它走向入口时，刀锋探险队被胖可丁的巨声抨击，并且胖可丁公会的成员没有小火焰猴那样的脚印，所以大家以为它是入侵者，这吓到了小火焰猴，它逃向了海滩，在那里它遇到了一个无意识的波加曼。 在它醒来之后，声称自己是人类的波加曼害怕当发现自己变成了宝可梦。小火焰猴邀请波加曼和它一起加入工会作为新成员，也希望波加曼能找出发生在自己身上的事情。