宝应县博物馆是一座综合型地方历史文化类博物馆，陈列面积1000平方米。馆藏珍贵文物4000多件，其中尤以陶瓷器、书法、绘画、拓片为特色。藏品体量及档次，在江苏省内同类型博物馆中居于领先地位。

该馆占地面积5000平方米，建筑面积3400平方米，可供展览面积1000平方米，文物库房200平方米，由主楼（四层）和附属建筑组成。分别设宝应历史文化概览陈列室、秦汉隋唐陈列室、宋元明清陈列室、书画陈列室。该馆历年承办的主要展览包括的蝴蝶标本展、恐龙化石展、海洋生物展、民间拓片展、航空模型展等。宝应博物馆新馆开工于1998年，建筑总面积5000平方米，建筑色调和局部元素取材于汉代射阳九里一千墩墓葬群中的出土漆器图案，建筑采用中国古代传统的古朴厚重的灰色大门，左右立有仿华表式样的柱子，左柱悬挂著名书法家沈鹏题写的馆名竖匾，字迹龙飞凤舞，遒劲有力。主体建筑为一高大的仿古式建筑，高而斜长的台阶梯道，直通二楼，入口门厅处立有四根银色圆柱，于典雅中显出雄伟，在独特中透出气势。整个建筑把传统文化和时代精神巧妙地融为一体，在地方博物馆建筑中堪称典范。

2020年12月，入选第四批国家三级博物馆名单。

宝应县博物馆创建于1958年秋，0原址在叶挺路工人文化宫后，由此开始了它的发展之路。

1960年10月宝应博物馆与宝应县文化馆、宝应县图书馆合署办公，博物工作由县文化馆兼管，在此期间，宝应博物馆由小到大，在各方面都得到了很大的发展。

1980年初，县图书馆从县文化馆分出，独立建制，文博工作划归县图书馆管理。

1997年初宝应博物馆新馆开工建设,馆址位于县城安宜东路89号。

2001年6月28日，建成并对外开放。馆名“宝应博物馆”系中国书法家协会主席沈鹏题写。

2001年6月28日，宝应博物馆新馆落成并正式对外开放。基本陈列是定名为“安宜春秋”，集中反映苏北里下河地区历代艺术发展的概貌。

从2007年10月1日起，博物馆正式对公众实行免费开放。同年，经过重新设计，基本陈列改名为“宝地流韵”，分为三部分陈列，宝应历史文化概览陈列室分“江淮宝地、建置纪要、县域史略、古邑人杰、宝地胜迹、千古精粹、珍宝撷英”七个单元对主题做了全面诠释。其余两室将先秦隋唐时期和宋元明清时期的重点内容突出表现，具有宝应历史特色的馆藏和出土文物组合展示，更加丰富了宝应历史文化的内涵。增设的“中国第一牙”古象牙化石的陈列及“古邗沟十三变”多媒体动画片展示是展览的亮点，此外，新布置的史前宝应人生活场景以及古街古巷、运河码头复原再现了历史，给观众以身临其境的感受。

2008年度，博物馆实施了展示服务水平提升工程，着力打造精品陈列，在原有两个文物陈列展厅的基础上增设了序厅。展厅重新装潢，版面重新设计，文物重新布展，并采用多媒体手段，拓展了展示内容和空间。三楼开设了书画及非遗临展厅。

2009年11月15日，宝应县博物馆由国家A级旅游景区升格为AA级旅游景区。

2010年7月20日—8月10日，宝应县博物馆增加定级文物计75件，其中一级文物3件。

截至2022年，馆藏文物3232件/套，珍贵文物302件/套，其中国家一级文物3件，国家二级文物14件，国家三级文物近300余件，历代拓片1000多件。藏品的类别为：玉石、陶器、瓷器、金属器、竹木牙器、字画拓片、石刻、货币、革命文物。有专人对库房进行抽湿、排风调节监控。近年博物馆分批对藏品进行修复保护。