密码编码包括手工密码编码、机械密码编码、电子密码编码。①手工密码编码。又称古典密码编码，以手工方式为主。方法主要有易位、代替、字典、加减和混合法等。字典法属代替法范畴，混合法是由易位和代替等相互结合而成。易位、代替和加减是三种最基本的编码方法。易位（或称错乱）密码是对明文在不改变易位原形的基础上，按照一定的规则进行位置移动的密码，易位密码包括简单易位、有限密钥指示易位和无限密钥指示易位等。代替密码是按照一定的规则，以特定的数码、字母等隐蔽明文原形的密码，代替密码的表现形式一般为代替表，代替密码包括单表代替、多表代替和无限代替等。单表代替的特点是代替变化量较少，易受穷举攻击。凯撒密表属于单表代替密码。
维吉尼亚密码和博福特密码是多表代替密码。加减密码是以不进（借）位的加（减）法将乱数与底本（明文）相结合的一种密码。加减密码大致分为短表加减、长表加减和无限加减。
②机械密码编码。利用机械装置产生大周期的
伪随机序列，然后通过加减的方式同明文结合产生密文。实现方式是通过机械加（解）密设备进行加（解）密，将机械转轮用线连起来完成密码代替，每个转轮上又有多个针，通过诸如控制臂、传动齿轮、可变齿轮、印字轮等机械装置的作用，改变转轮上的位置号而提高多表代替的周期。为使密码更安全，可把几种转轮和移动的齿轮组合起来，所有的转轮以不同的速度移动，以增加密码攻击者的分析难度。
③电子密码编码。20世纪70年代后期以来，随着编码理论、电子技术、计算机技术和现代保密通信的发展，电子密码编码成为主流。为应对不同的密码需求，出现了基于数学难题的公钥密码编码，例如基于大整数因子分解问题的RSA
公钥密码体制，基于椭圆曲线加法群上离散对数问题的椭圆曲线公钥密码算法等。现代密码已从对文字加密扩展到对语音、图像等信息的加密。语音和图像加密分模拟信号加密和数字信号加密两大类。模拟信号加密有频域加密、时域加密和二维（频域、时域）加密。它发送的是连续的模拟信号，指示模拟信号变化的密钥是一串随机符号序列。数字信号加密是把模拟语音信号和传真、电视图像等信息转换成二元数据流，同乱数结合而成密文。它发送的是离散的数字信号。
根据密钥的特点，密码编码分为基于对称密码体制的编码和基于非对称密码体制的编码。对称密码体制又称传统密码体制、秘密密钥密码体制或单密钥密码体制。非对称密码体制又称公钥密码体制或双密钥密码体制。根据明文处理的方式，密码编码分为序列密码和分组密码。
随着密码编码理论研究的日益深入，以及相关学科的研究成果在密码编码中的应用，密码编码趋向于成为与语言学、数学、电子学、物理学、声学、计算机科学、军事通信学等具有广泛密切联系的综合性尖端技术学科。