被流放到
伊豆国的源赖朝为响应以仁王对平家的讨伐令，与
北条氏一族共同举兵。虽然在石桥山之战一役败给了平氏的大军，源赖朝仍能够以来自房总半岛的千叶氏、三浦氏等关东地方的东日本武士集团为核心，成功地整合成一支劲旅，之后来自
甲斐国的
武田信义也加入源氏的反抗行列。
反之对源赖朝首战告捷的平氏一族则趁胜追击，派出由
平维盛、
平忠度、
平知盛等所统率的大军来讨伐源氏反抗军。不过当平氏的军队开到骏河高桥宿（现静冈市清水区）时，由于京城的饥荒所造成的粮运不继以及行军途中发生的骚动已使平氏大军出现未战先衰的迹象。同时平氏的讨伐军中也有许多原是来自东日本的武士集团，更使得开战前军中弥漫着厌战的气氛。
交战双方原本是在富士川河口两岸呈对峙状态，平氏各军的指挥步调杂乱不一。根据传说，从富士沼飞出的一群水鸟所发出的翅膀拍击声让平家军误以为是敌军来袭，惊慌的平家军还因此不战而逃。
不过真实情形应该是源氏军中的武田信义军为了抢头功而贸然接近敌军，平家军并非将水鸟的振翅声误认为敌军袭击，反之是因为武田信义军惊动了水鸟，让平家军察觉到敌军准备趁夜偷袭。于是未做好迎击准备的平家军为了万全起见决定撤退。
富士川之战结束后，源赖朝开始以
镰仓为基地建立其武士阶级政权。与平氏一族的战争则交由其弟
源义经来进行。反之平清盛所积极推动，以
福原京为根据地的平氏政权计划则受到重大打击，最后不得不将国都迁回
平安京。