将军行辕是三江口水师旗营的最高指挥机关，亦是驻闽将军每年视察水师操演之行辕，旗营官员平时公议大事亦多在此。始建于清雍正七年。

将军行辕原为三进，头进为将军大堂，中进系将军寝所，后进居杂役人等。大堂两侧各有厢房数间。前进约于民国初期坍塌，后进在长乐二度沦陷时被日军拆毁当柴烧。中进于宣统二年(1910年)改建为楼，二层，八字楼结构，保存至今，因系将军寝所，俗称“将军楼”。1991年，琴江籍旅台乡亲集资加以维修。现辟作“三江口水师旗营展馆”。