游戏的主人公
妃宫千早虽然是个男生，不过却有着比女生更加漂亮的外貌和更苗条的身材，但在原来的男子学校因为自己的美貌而遭受到同学的排挤及歧视，随着时间的流失，主角开始讨厌自己是个男生，甚至是讨厌男生这个群体，开始他失去了笑容，厌倦了上学。后来被迫转学到圣应女学院就读，而就在这学院里妃宫千早将遇到各类型的女同学，认识各种性格的朋友，在这里将发生一件又一件让主角意想不到的事情。
主角。不去上学导致母亲很担心并强制送进女学院。小时候受过许多特殊教育，读书、茶道、花道、跳舞、钢琴、武道…全部都精通，不过其实他有点不喜欢自己的外表。入学后为掩饰男性的身份改母姓。另外，他也是前作人物
宫小路瑞穗及
御门玛利亚的远亲。
本作另一名主角，也是第一女主角。剑道三段，体育万能，虽给人类似男性的感觉，却是个有着一双漂亮眼睛的美人，本年度エルダー候补第一人选，称号“骑士之君”。在高一时父亲让她转入圣应学院，高三才遇到千早。性格率真直接，就像直球一样，到从千早很尊敬她这一点来看，其实她是性格恶劣的？原薰子是前作中
周防院奏的“妹妹”，击剑师父则是前作的主角宫小路瑞穗。
代代服侍千早家的丛者家系˙度会家的少女，以前是在自家与学院两边通学，千早转进来后就与他一起住进了宿舍。人生信条是“服侍千早”，无论为他做什么事都愿意。头脑还算不错，只是不太会替自己考量，是个奇妙的，无口无情绪的少女，不过千早其实对她了解很多。入学后成为千早的“妹妹”。
以“星星公主”自称，实际上是东欧某国的公主。因政治原因她来到了圣应女子学院。她有着褐色的肌肤与翠绿的瞳，凛然的表情与带有男性气息的措词，是一名不可思议的少女。二年级游泳社。因为在班上得到了“少女大人”的地位而学习著使用有礼貌的女性言词。常常是靠占卜来决定行事方法并以奇妙的行动来实践，出人意料的性格和占星学特长会史人有种神奇的感觉，并且她的价值观也和其他人不太相同，所以老是会做出超过一般人常识范围的事。在学校加入了游泳社团。
和名字完全相反，有点热血气味的花道社社员。双亲都是日本人却金发碧眼，不晓得是隔代遗传到哪一边。由于家世并不是很好，从小她就有些远离周围且少说话，本人心中有着自卑感。常常找千早挑战，将他视为竞争对手。懂的插花术，学英文也挺上手，可说是有忧有喜，心中动摇的年纪，有点天然外加傲娇的属性。
外表英姿焕发但内在贤淑的花道社社长，通称“御前”，二年级生，是09年度エルダー后补之一。发型与说话方式之所以有和风的感觉，因为她的母亲是接受过日本严格教育的旧时女性。放学后基本上都在室内种花，偶尔会去园艺部寻求她想要的花种。性格聪明伶俐，在二年级之中她的意见算是很具威权性的。千早常常光顾花道社，因此他也和千早关系不错。
有种大人的气息，是最上级生，从中途才加入住宿的谜样少女。传言说她对学院内的不少低年级生下手，因此名声并不好，但是本人似乎不太在意。在宿舍内是美丽的大姐姐，喜欢开玩笑又有达观的精神。
根据本游戏改编的漫画《少女爱上姐姐2》在《月刊Comp-Ace》连载，已完结。由ういらあくる作画。单行本由
角川书店出版，共3册。
根据本游戏改编的
OVA动画《
少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》由
SILVER LINK.制作，共3集，于2012年8月29日－10月26日播出。