山东省医学科学院基础医学研究所（以下简称“基础所”）于1983年经山东省编制委员会批准建立，隶属于山东省医学科学院，是一所集医学科研、疾病防治、研究生教育、科技开发为一体的省级专业研究机构、山东省一类科研院所。主要从事医学免疫学、医学遗传学、病原生物学、病理生理学、基因工程学、生理学与心血管病等方面的研究工作，开展化妆品、涉及饮用水安全产品等的医学检测与安全性评价，拥有物权（亲子）鉴定检验检测资质。2020年6月和2022年3月，基础所先后与基础医学院、临床医学院进行实质性融合，组建临床与基础医学院（基础医学研究所）。

主要从事免疫学、病原生物学、病理生理学、医学生理学、人体解剖与组织胚胎学、法医学、医学生物化学与分子生物学、中西医结合、心脑血管病、流行病学、血液肿瘤学、医学遗传学与基因工程等研究。

免疫学为山东省医药卫生重点学科。拥有山东省医学遗传与基因工程重点实验室和山东省医药卫生肿瘤免疫与中药免疫重点实验室;为免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、医学生理学、人体解剖与组织胚胎学、内科学(心脑血管病和血液肿瘤)、流行病与卫生统计学等11个硕士学位授权学科;流行病与卫生统计学、免疫学2个联合培养博士学科。设有山东肿瘤生物治疗研究中心、山东省医学科学院心脑血管病防治研究中心、山东省医学科学院血液肿瘤防治研究中心、心电信息山东省工程研究中心等特色中心。为山东免疫学会、山东省医药生物技术学会、山东省心功能研究会挂靠单位。

(一)办公室(二)实验动物中心(三)司法鉴定中心(四)安全评价与检测中心(五)公共科研平台