2005年初，原山东省地矿局第三水文地质工程地质大队与山东省地矿局第二地质大队合并重组为山东省鲁南地质工程勘察院（以下简称“鲁南院”），是山东省地矿局辖属的正处级事业单位。

鲁南院坐落在古九州之一的兖州，隶属古运河之都、号称“江北小苏州”的济宁市，东距世界文化遗产圣城曲阜10km，南距亚圣孟子故里邹城15km，西南距中国长江以北最大的淡水湖微山湖30km，北距“中国佛都”汶上35km、西北距中外驰名的水泊梁山40km，东文西武，南水北佛，驰名中外。京沪铁路与石新铁路、京沪高速与日兰高速在此交汇、327国道横贯东西，交通发达，环境优良。兖州位居全国百强县排名49位，济宁市是山东省规划的三大城市群之一，正在建设组群结构大城市，兖州市就位于该大都市圈的中心地带。

2022年4月，省鲁南地质工程勘察院成功加入山东省软件行业协会，成为会员单位。

专业齐全，山东地矿局最大的地勘队伍

鲁南院拥有职工近1800人，是全局最大的地勘队伍。其中，工程技术应用研究员6人、高中级专业技术人员201人。先后涌现出全国劳动模范1人，全国“五一”劳动奖章获得者2人，省部级劳模3人，国家级有突出贡献的专家、享受政府特殊津贴者4人。鲁南院下设管理科室10个，经营性专业实体9个。在济南、东营、枣庄、济宁、菏泽、威海等地设立分院6个。

资质水平高，技术力量雄厚

高等级资质数量和资质总数均居全局各单位之首。持有包括国土资源部核发的固体矿产勘查、液体矿产勘查甲级资质，水文、工程、环境地质勘查甲级资质，地质钻探甲级资质，地质灾害危险性评估、治理、勘查、设计、施工及监理甲级资质，建设部核发的工程勘察综合类甲级资质和地基与基础工程施工壹级资质，水利部核发的建设项目水资源论证甲级资质等在内的各类高等级资质30余项，资质优势十分明显。拥有一流的技术、设备和专业技术人才。

成果辉煌，树立了山东地矿品牌

建院以来，共探明金、铁、煤、石膏、盐岩等矿床十几处；探明其它中小型金属或非金属矿床百余处。先后承担各类水、工、环地质勘查项目2000多项，提交大中型地下水水源地几十处，获国家、省部级成果奖百余项。工作地域覆盖全国大部分省市，并积极开拓国外市场，开辟境外资源战略基地，与许多国内外知名大企业集团建立了良好的合作关系。2006年成为全局首家年收入过亿元的单位，2010年实现对外经营收入5.49亿元，上交利税2000余万元，为地方经济发展做出了重要贡献。截至2012年，连续多年完成地方税收稳居兖州市前十名，连续11年被省委省直机关工委授予“省直文明单位”称号，连续13年获兖州市“文明单位”称号，是山东省首届“十佳”勘察单位。

2022年3月4日，山东省鲁南地质工程勘察院（山东省地质矿产勘查开发局第二地质大队）实验测试中心水质分析组被授予“山东省十佳女职工建功立业标兵岗”荣誉称号。