岐阜药科大学设有药学部，药学部下设制造药学科和厚生药学科两个学科（入学定员120人），同时在大学院设有博士前、后期课程。从2006年度开始，导入了药学部6年制度，将此前的2学科进行改组，重新编制成了毕业后可以取得
药剂师国家考试资格的6年制药学科（入学定员100人），和以培养研究者为目标的4年制药科学科（入学定员40人）。虽然从药科学科毕业之后无法直接取得药剂师国家考试资格，但如果在药学研究科进修1年硕士课程之后就可以取得考试资格了。 岐阜药科大学采用了中期日程入学试验，作为地方公立大学，校内岐阜县出身的学生只占10%左右，这在地方公立大学中是很少见的。2004年度毕业生参加药剂师国家考试合格率为90.3%。包括大学院在内的学生总数约640人。专职教师65名（其中52人具有博士学位）。