崇文书院始建于明万历二十七年(1599年)，位于西湖跨虹桥西。

杭州的盐商大体来自山西、陕西和安徽，行商发达后，他们往往举家迁居杭州。但是当时政府有规定，没有户籍的子弟，是不能进入杭州府学读书的，更无法参加乡试。这些外地来的盐商子弟家中虽有钱财却因户籍问题与仕途无缘。叶永盛作为巡盐御史自然明白其中的委屈，他向朝廷奏议，要求给盐商另置商籍，等同落户。这个奏议得到了批准，从此，盐商的子弟和浙籍学子一般拥有了在杭读书参加科举的权利。叶永盛还一不做，二不休，干脆借来别墅为盐商子弟办起了讲堂，讲堂就设在烟水矶。叶永盛此举让在杭盐商感激肺腑，纷纷送孩子来此就读，因为路途遥远，交通竟靠小船。叶永盛觉得利用小船作为游动的书斋不失为授课的妙法。

一个时辰后，叶永盛叫小童吹响了画角。那些隐蔽在花洲鹭渚、柳荫芦丛里的小船纷纷回航，汇集到烟水矶旁。小童搬来几案，叶永盛坐在岸边开始批阅一一呈上来的作业，他当着学生的面，在卷子上评定甲乙等级。每一位轮到的少年都屏声静气，斜欠着身子看先生的落笔。

叶永盛不知道，他这种奇异的授课形式，后来竟成了杭州四十二景中的一景，“崇文舫课”的情状一直延续到了清朝。

叶永盛任满离开杭州后，盐商们集资买下了这幢别墅，改称“紫阳崇文书院”，又在书院后面为叶永盛立了生祠，早晚供奉。

崇文舫课名气越来越大，大到康熙皇帝南巡时也亲幸这个书院，并题写了“正学阐教”和“崇文”两块匾额。从此，崇文书院有了与其他三大书院相颉颃的资本，成为浙江四大书院之一。

崇文书院后来也毁于太平军战火，同治年间又重建，光绪年间，还引来海宁人王国维在此读书，王国维成名后，回来崇文书院讲过学。

崇文书院最后变成新式学堂--钱塘县学堂是在1902年。四年后，它和紫阳书院(当时也已改成仁和县学堂)合并，称为仁钱县学堂。1907年，两所学堂又重新分开，各自走上不同的发展道路。