上海市崇明区博物馆是1980年7月19日设立的文物系统国有博物馆。

崇明区博物馆隶属于崇明区文化和旅游局。筹建于1959年2月，后并入文化馆。1980年7月19日，重新恢复建制，归崇明县文化局领导。1996至1999年，上海市文物管理委员会和崇明县人民政府共同投资对崇明学宫进行改造和规划，新馆于1999年12月8日开馆。2017年初，更名为崇明区博物馆。

崇明区博物馆展厅总面积近3000平方米，现有“崇明岛史”、“崇明民俗”两个基本陈列。

“崇明岛史”真实反映崇明岛的形成及其政治、经济、交通、水利、文化、军事、科举等各方面的历史发展和建设成就。“崇明民俗”陈列，则通过集镇、民间家庭居室等场景，再现了崇明人民的辛勤劳动和纯朴生活明伦堂是崇明区博物馆的临时展厅，曾先后展出过“庆祝崇明解放50周年邮品展”、“陈燮君崇明水墨写真作品展”、“海上画派绘画精品展”、“纪念孔子诞辰2556周年江浙沪名家书法展”、“中国文化遗产图片展”。崇明区博物馆现有藏品2000余件，包括陶瓷、字画、玉器、家具等数10类，陈列展出藏品400多件。