崇正书院位于南京市鼓楼区清凉山东麓半山坡上，为明嘉靖年间督学御史耿定向讲学所筑，是明清时期江南地区最大的书院。

明朝嘉靖年间，南京盛行讲学，时任督学御史的耿定向见清凉山环境清幽，在此建立崇正书院。

1980年，南京市政府拨款重修崇正书院．由东南大学著名建筑专家杨廷宝。

书院依山势分为三进，一殿与二殿由两边回廊相连接，廊壁墙上开各式花窗，东侧廊壁嵌有两块石碑。二殿与三殿间是开阔青石平台，其东侧有一组山水小景。三殿是公园的制高点，放眼周围一片苍翠，抬头远望，方圆百里尽收眼底，进入大厅，四幅大型壁画跃然醒目，再现金陵春牛首、夏钟山、秋栖霞、冬石城之四季景色。1992年，在书院增辟“中华奇石馆”，陈列全国各地的天然奇石珍品千方、100多个石种，为古老的胜迹增添了新的文化内涵。2003年，“中华奇石馆”移至山下新馆。