工业酶国家工程实验室”于2008年6月得到国家发改委批准建设。工业酶国家工程实验室以
中国科学院微生物研究所为依托单位，以中国科学院
中国科学院天津工业生物技术研究所为建设执行单位，由
中国科学院上海生命科学研究院、
江南大学、
吉林大学、
中国农业科学院生物技术研究所、
清华大学、
天津科技大学共同建设。
建设工业酶国家工程实验室，将大力促进与支撑工业酶制剂行业的健康持续发展，有助于改造传统加工产业、发展以生物质为基础的新型能源与化学工业，有助于全面提升我国医药、食品、化工、能源等产业的国际竞争力，实现资源、能源的节约与替代，对于促进生物高技术产业发展，加快转变经济增长模式，实现工业节能减排，保障我国社会经济可持续发展具有重要意义。
工程实验室的发展目标是建立产学研联合机制，形成完整高效的酶制剂研发链，建立工业酶自主创新技术平台，为我国工业酶产业发展提供技术支撑，满足生物产业发展的需求，提升酶制剂行业的国际竞争力，扭转酶制剂行业对国外技术依赖的严重局面，实现产业的健康发展。主要任务是开展工业酶发现、改造、规模化表达及制备等关键和共性技术研发，建立酶制剂工业化发酵控制技术、低成本分离技术、先进的发酵废液后处理技术研发平台，制定和完善相关行业的酶制剂技术标准，培养高水平的专业人才。开发具备多样工业属性的酶制剂产品，大幅降低生产成本，提高产品质量，拓展酶在造纸、制革、纺织、饲料、食品、能源、医药、环境等工业领域的应用能力，推动我国酶制剂工业的快速、持续发展。
工程实验室实行理事会领导下的实验室主任负责制。执行平台资源共享、技术有机合作、产品成果分享的行为规范，建立符合创新规律和充满活力的现代管理制度，实现灵活、有效的产学研结合模式，促进符合技术发展规律和市场规律的科技成果转化。
实验室正在组建一支国内实力最强、具有国际重要影响的研发队伍。现包括
中国科学院院士1人，“百人计划”5人， 正高级职称12人。在微生物资源以及酶的筛选、改造、表达、纯化及应用技术等方面具有较多的积累，承担着
国家863计划“工业酶的分子改造和工程化技术”、国家“973”计划、中科院知识创新重大项目等重要课题。
1.工业蛋白质科学，包括：工业酶资源的筛选与评价；
蛋白质结构功能解析；结构生物信息学；
蛋白质设计进化改造；工业酶高效生产工艺；工业酶应用技术。
2．
生物催化工程，包括：
生物催化剂的发现与改造；生物催化反应原理；生物催化剂的化学修饰与改造；非水相生化反应工程；生物合成与化学合成耦合工程。