工程菌是采用现代生物工程技术加工出来的新型微生物，具有多功能、高效和适应性强等特点。

用基因工程的方法，使外源基因得到高效表达的菌类细胞株系一般称为“工程菌”。

治理海洋石油泄漏：采用生物工程技术将多种微生物的降解性基因从细胞中分离出，然后组装到一个细胞中，使这个菌株集多种微生物的降解性功能于一身，同时可以降解多种化合物。这样的菌株我们称为工程菌。

生产基因工程药物：糖尿病是患者胰脏的胰岛β细胞不能正常分泌胰岛素，血糖过高所致。科学家们把人的胰岛素基因送到大肠杆菌的细胞里，让胰岛素基因和大肠杆菌的遗传物质相结合。人的胰岛素基因在大肠杆菌的细胞里指导大肠杆菌合成人的胰岛素。随着大肠杆菌的繁殖，胰岛素基因也一代代的相传，子代大肠杆菌也能够合成胰岛素。这种带上人工给予的新的遗传性状的细菌，被称为基因工程菌。除生产胰岛素外，还有包括细胞因子、抗体、疫苗、激素、抗生素等。

除此之外，在发酵工程中工程菌也发挥着一定的功能，可以提高发酵的效率。