巴县档案（bā xiàn dàng àn）是中国清代四川巴县官府、中华民国时期巴县公署以及民国前期四川东川道积累移存的档案。上自乾隆十七年(1752)，下迄民国三十年(1941)，共约11.6万卷，是中国地方政权历史档案中保存较完整的一部分档案。
这批档案早先存于巴县档案库，
抗日战争时期巴县政府为避空袭将其运至长江南岸樵坪场一座破庙中暂存。1953年发现，由西南博物院运回收藏，后交
四川省博物馆管理。1955年由四川大学历史系整理使用，1963年 3月由
四川省档案馆接收。档案内容主要有：清代与民国时期巴县的官吏任免，重庆近代企业开办章程、呈请立案免税，农户耕牛权纠纷，川江运送滇铜黔铅进京过境；民国初期巴县的税捐征收；清时募集营兵、筹备军饷、整肃军纪、应付战争、抚恤伤亡，川军抗击倭寇，太平军和李兰起义军入川；清代和民国时期官府派兵护卫外国领事、教士、商人以及司法律例、章程、条规和民、刑诉讼案件等。其中东川道的档案有川东宣慰使署、川东观察使署、东川道官吏任免、奖惩、选举、议事、税收、征派、军饷筹措等内容以及辛亥革命、反袁护法运动和军阀混战的史料。
巴县档案是研究
巴县地方史的第一手资料，也是研究重庆城市发展史、四川和西南地区政治、经济史的重要史料。其中清代部分尤为珍贵，深为中外学者所重视。