1559年，苏莱曼一世的奥斯曼帝国可谓如日中天。他们向西不断威胁欧洲，向东又屡屡击败波斯，向北则时刻威胁着整个东欧。但在南方帝国逐步控制下的波斯湾，奥斯曼船只无法离开巴士拉港太远。这就让他们拼命找机会突破欧洲殖民势力的封锁，并将眼皮底下的巴林岛视为首个攻克目标。

16世纪50年代，奥斯曼人已经大体上掌握了两河流域的大部分地方。在驻扎有土耳其近卫军的巴格达和巴士拉周围，还有许多倒向君士坦丁堡当局的阿拉伯部落联盟。势单力薄的波斯人，则长期被限制在幼发拉底河以东的山区背后。

1559年时，有个土耳其劫掠船长向苏丹进言，表示自己有能力拿下堵在奥斯曼东方大港门外的巴林岛。一直期望控制印度洋贸易的苏莱曼，便同意支持他的冒险行动，并下令让掌管巴士拉防务的穆斯塔法帕夏给予一切协助。考虑到当时的岛上并没有老对手葡萄牙的驻军，他们觉得依靠突然袭击便可以迅速拿下全岛。

8月，由70艘小型桨帆船和阿拉伯船组成的运输分队开始从阿拉伯河口起航。船上一共搭载着1200名近卫军士兵、炮兵和一些骑兵。因为不会遭到任何对手的拦截，负责护航的仅仅是2艘普通的大型加莱战舰。考虑到奥斯曼人在波斯湾还没建立起强大的军工产业，这样规模的出击已经算是非常给力了。船队就这样沿着阿拉伯半岛的东海岸航行，神不知鬼不觉的抵达巴林。他们在岛屿的西部登陆，迅速展开了进攻行动。

岛上的大部分阿拉伯人没有抵抗，而是习惯性地选择了观望。来自霍尔木兹岛的400名波斯守军，也被迫躲入了葡萄牙人为他们修建的要塞。在少量武装商人的协助下，这些以弓箭为主要武器的什叶派民兵，拼死抵抗着用重型火绳枪和大炮来攻的奥斯曼人。要塞的波斯指挥官拉克斯-莫拉多，也在第一时间向东面的马六甲发出了求救信。

战争爆发时，驻扎在霍尔木兹岛的葡萄牙指挥官迪诺罗尼亚也兵力不多。大部分人平日负责防御岛上的要塞和另外一座位于海对岸波斯境内的小堡垒。但他还是想到了自己可以组织起两支船队去巴林增援。

第一支增援舰队由霍尔木兹本地的守军组成，包括10艘小型的桨帆船战舰和几百名士兵，他们可以立即从基地出发。

第二支增援舰队由当时正在阿曼港口马斯喀特过冬的贸易船只构成。指挥官西尔韦拉与迪诺罗尼亚速来不和，却也愿意放下成见去支援巴林。他的船队实力更强，除了小型桨帆船外还有1艘可以进行远洋航行的卡拉维尔帆船。但他们必须先抵达霍尔木兹进行补给，才能继续向西航行。

结果，在第二支葡萄牙船队抵达巴林之前，实力较弱的前一批人就已经接近了战区。因为忌惮更大的土耳其战舰，他们制定了一个诱敌后再包围消灭对手的计划。1艘小型桨帆船被派去吸引土耳其人的注意，其余9艘在附近的小岛背后埋伏。受到惊吓的土耳其人，很久就驾驶着2艘大船开始追击。在顺风的情况下，由于船上没有太多人员和物资，所以前进速度很快。但在险些抓住目标时，发现其他葡萄牙小船正向着自己这边靠拢。奥斯曼战舰果断降下风帆，使用人力划桨撤回了巴林岸边。

葡萄牙舰队在傍晚抵达巴林，却还是因为经验不足而没有发起夜袭。到第二天早上，奥斯曼人增派了100多近卫军士兵上船，开始凭借兵力和火力优势进行反杀。结果，葡萄牙舰队开始出现混乱，所有人一致决定返回霍尔木兹等待更多援军。但在撤退过程中，一些船只因为划桨手与海员素质不佳，明显落在后头。那些为支援岛上守军而携带的补给品，反而成为了减缓航速的累赘。有2艘船不得不冒着身后奥斯曼大炮的射击，想方设法到靠近波斯一边的海岸躲避。最后靠着抛弃船上的辎重与火炮，才勉强从易于搁浅的沙洲附近逃走。

由于这次增援失败，巴林岛上的波斯守军被迫继续被封锁在堡垒内苦战。只是因为奥斯曼人没有携带太多火炮和人力，才没有立刻拿下目标。但这一次的成功，也让舰队放松了警惕，将注意力完全放在陆地上。

1559年9月，第二支葡萄牙舰队开始抵达巴林。除了有1艘卡拉维尔帆船外，其他船只也都是小型的桨帆船战舰。之前撤退的那支部队，也顺势加入了他的力量。这样，他们便不担心在海战中太过吃亏。

由于是在早晨抵达，奥斯曼人对于到来的威胁是毫无准备。葡萄牙人成功的突袭了2艘大型加莱战舰，并将其全部据为己有。随后，所有战舰又浩浩荡荡开入对方运输船队所在的锚地，将几乎无人防御的小船都付之一炬。这样，奥斯曼近卫军和所有帮手都被困死在了巴林岛上。除非他们能攻克堡垒，否则就毫无胜算。

此后的几天里，西尔韦拉都派出战舰在岛屿附近巡逻。同时还有船会定期炮击奥斯曼人的阵地，但效果都不明显。由于很多人担心10月的天气容易让军队爆发瘟疫，所以催促西尔韦拉带领他们发起陆地攻势。后者考虑到自己的兵力超过500，便硬着头皮率军登陆。他们随行还带着一些需要援助要塞的火炮和其他物资，所以行动也变得讽刺迟缓。

奥斯曼人在发现对手意图后也设下了埋伏。大量的步兵按照土耳其人习惯的战法，将阵地设立在岛上的棕榈树林里，方便枪手进行自由点射。同时，一队集中起来的骑兵被派往侧翼，准备给对手以雷霆一击。果然，这套战术成功打乱了疏于侧翼防备的葡萄牙步兵。西尔韦拉先后两次被火绳枪击中丧命，随他一同战死的还有其他60多人，超过30个人成为俘虏。葡萄牙人的第二次增援也宣告失败。

但葡萄牙舰队依然控制着海面，继续维持对奥斯曼军营的封锁。一些船只被派回霍尔木兹，运载着更多葡萄牙人和波斯士兵返回巴林。2艘被俘获的奥斯曼战船，甚至成为了迪诺罗尼的座舰。最后，总计有30艘葡萄牙船和1000以上的部队加入战事。

这一次，奥斯曼人也无力阻挡对手登陆。葡萄牙人甚至为了进攻而赶造了一辆战车，在木制的车体上安装了数门火炮，以便在队伍最前面提供防护和火力支援。土耳其人一边还尝试和谈，让自己全身而退。但这些努力都没有获得成功。

1559年10月，在双方即将展开决战的前夕，强劲的东风开始席卷巴林全岛。缺衣少粮的奥斯曼军队，首先有很多人开始病倒。不仅如此，只能依靠船上辎重补给的葡萄牙人也开始有人生病。

随着瘟疫和疾病在两军当中蔓延，奥斯曼军队甚至只剩下50个人可以继续作战，但他们的对手也没有了打过来的能力。这迫使双方最后达成妥协。土耳其人在交出部分武器、俘虏和12000克鲁扎多金币的赎金，然后被允许安全离开巴林。

葡萄牙人也因此算是获得了巴林围攻战的胜利，但他们的损失同样很大。

在这次巴林的战斗结束后，奥斯曼帝国也暂停了对印度洋方向的袭击，双方大体上维持了近30年的和平。君士坦丁堡的宫廷也意识到，自己在波斯湾缺乏有效的力量投射能力。在压制欧洲地区的对手时，他们总是能动员超过对手想象的人力资源。但在帝国势力的外围，这种动员能力就要大打折扣。

不过，巴林和霍尔木兹对葡萄牙人而言，同样是海外势力的强弩之末。只要波斯湾与两河地区依然维持多边相争的平衡格局，他们就可以使用微弱的兵力守住据点。一旦这样的局面被某个快速膨胀的势力所打破，那么仅凭堡垒+小船队便不可能保住大陆的边缘。