他出生于
色雷斯的一个地方,是
穆罕默德二世(征服者)的儿子,穆罕默德二世在1481年去世后,巴耶塞特与弟弟杰姆为王位
继承权而开战,杰姆战败后逃到罗得岛,向医院
骑士团寻求援助。骑士团挟持了杰姆,后来把他送到
法国,其后再转交给教皇
英诺森八世。教皇欲利用杰姆作为驱逐土耳其人出欧洲的工具,但教皇的十字军企图失败,后来利用他作为向巴耶塞特二世谈判的筹码。每年问巴塞耶特支付3万金币来囚禁他的弟弟。杰姆被囚禁至1495年,因
脓疮恶化,在
那不勒斯的一所监狱中逝世。
他于1481年登上
奥斯曼帝国的王位。跟他的父亲一样,他是东西方文化的庇护者,并与其他
苏丹慈善事业的财产一概归还原主,为了反对前代的倾向欧洲风尚,他叫人把意大利画家为穆罕默德所绘的画像从宫中摘除。
1492年西班牙国王斐迪南二世下令驱逐境内的所有
犹太人,
奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特二世立刻派遣奥斯曼海军到西班牙,把那些被西班牙驱逐的犹太人安全地送到奥斯曼帝国。巴耶塞特二世把犹太人安置在帝国各个省内,并向帝国各个省下达命令,帝国各个省要友好对待犹太人,禁止反犹,否则将处以死刑。其后,
奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特二世写信给西班牙国王斐迪南二世的信中说道“西班牙国王斐迪南二世是个伟大的统治者,宁愿自己贫穷也要把财富赠送给别人,我实在是太需要这些人才了。”后来的历史发展也证明了,巴耶塞特二世想法的正确,这些被西班牙驱逐的犹太人,把新的思想,新的技术带进
奥斯曼帝国,增强了奥斯曼帝国的国力,1493年西班牙裔犹太人在
伊斯坦布尔建立了奥斯曼帝国的第一台印刷机及建立印刷机构,并相继出现了著名的犹太学者 如:Mordecai Comtino、Solomon ben Elijah Sharbiṭ ha-Zahab、Shabbethai ben Malkiel Cohen和Menahem Tamar等名人。
在他统治帝国期间,他继续进行父王所进行的开疆保土的事业,1483年帝国
直接控制了
巴尔干地区的
黑塞哥维那。1484年占领了
多瑙河河口的要塞和德涅斯特河口要塞,挫败了
斯特凡三世使之称臣,加强
奥斯曼帝国对通往克里米亚的陆路控制。
由于
奥斯曼帝国把势力扩展到
小亚细亚大部分地区,就不得不同拥有
叙利亚的埃及的
马穆鲁克王朝发生冲突,双方都竭力控制交界的地带和缓冲的小国。这场旷日持久的争夺战最后陷入僵局。奥斯曼帝国一度夺取了马穆鲁克王朝的
奇里乞亚,但是战败于阿达纳战役,不得不撤出奇里乞亚。
小亚细亚以东的局势更是咄咄逼人,例如“
红头什叶派”大大影响了巴耶塞特的统治,而且在背后受到
波斯沙阿
伊斯玛仪一世的支持,他于1501年建立了波斯
萨法维帝国,很热衷推广什叶派以保持波斯的独立性,从而逐渐损害
奥斯曼帝国统治的威权。当时
奥斯曼帝国在
安那托利亚的统治甚至出现危机,而且当时巴耶塞特的
大维齐尔(宰相)——
阿里·帕夏(Ali Pasha),
亦在镇压造反者时被杀。
在1509年9月14日,君士坦丁堡被地震破坏。巴耶塞特的晚年发生了塞利姆和艾哈迈德的皇位斗争。艾哈迈德,是塞利姆的哥哥,他打败了卡拉曼(Karaman)的
土耳其人和他们位于
安那托利亚的盟友
萨非王朝,并正凯旋返回君士坦丁堡。塞利姆害怕他的自身安全受到威胁,他在色雷斯发动起义,但被巴耶塞特镇压并被驱逐至克里米亚(1511年)。在这时候,巴耶塞特逐渐觉得艾哈迈德可能会杀害自己而去夺得皇位而非常害怕,所以他禁止艾哈迈德进入君士坦丁堡。
这时,塞利姆由克里米亚折返,并受到
禁卫军的支持,打败及杀死了艾哈迈德。巴耶塞特接著于1512年4月25日退位给儿子
赛利姆一世,巴耶塞特离开并往出生地方隐居,但他于路上去世,并埋葬于在
伊斯坦布尔的巴耶塞特二世
清真寺旁。他是个虔诚的穆斯林,在位时的大部分岁入用于建设清真寺,
经学院、医院和桥梁。他支持奥斯曼境内外的法官、学者和诗人,还对哲学和
宇宙学感兴趣。