2004年常熟港完成货物吞吐量1621.5万吨，外贸货物吞吐量372.18万吨，
集装箱吞吐量88385标箱。同比分别增长7.4%、-22.8%、80.7%。已与全球48个国家和地区的220个国际港口通航通商。年内港务局切实加强港政管理：根据《港口法》对港口经营实行市场准入制度的规定和对现有港口经营企业办理港口经营许可证的具体要求，对全港68家港口经营人颁发经营许可证；根据《港口法》和《港口危险货物管理》的规定，及时做好了《危险货物港口作业认可证》的申领作业。同时码头建设步伐加快：完成了常熟益成特殊钢1个万吨级泊位和华润电力1个5万吨级煤炭泊位交工验收；在建的兴华三期工程3个万吨级以上泊位以及陆域配套设施仓库、堆场道路正在抓紧施工；江苏理文造纸码头、长春化工码头3个万吨级泊位、2个5000吨级泊位年内基本完成申报工作，进入开工建设准备期。
2024年7月，吃水达12米的巴拿马籍散杂货船“科维箭”轮缓缓离泊常熟兴华码头，再次刷新了常熟港超大型船舶纪录。常熟港出港船舶吃水从11.8米提升至12米，标志着常熟在加快区域性航运物流中心建设上迈出了坚实的一步。
2008年6月9日，
常熟兴华港口有限公司举行成立10周年庆典。江苏省副省长张卫国、苏州市副市长周伟强及常熟市委书记杨升华等出席庆典活动。参加庆典活动的还有来自新加坡的政府官员，挪威、德国、日本、韩国、台湾等不同国家和地区的企业家、银行家、船东、客户等280多名宾客，新加坡内阁资政李光耀出席庆典并为10周年庆典纪念牌揭牌。1994年新加坡泛联集团、培拓油轮公司和新加坡苏州工业园区、江苏常熟经济开发集团合资组建常熟兴华港口有限公司，经过10年的建设和发展，一期、二期工程正常投运，三期工程正式开工。到2005年将形成码头泊位8个，其中5万吨级泊位2个、3.5万吨级泊位5个、5000吨级泊位1个，公用码头吞吐能力将达825万吨。
根据交通部交水发[2003]500号文件要求，我国作为《1974年国际海上人命安全公约》（简称SOLAS公约）的缔约国，所有对外开放港口设施必须进行保安评估、制订保安计划，并于2004年7月1日起付诸实施。港务局成立常熟市港口设施保安工作组，组织兴华、华润、芬欧汇川三家对外开放码头单位进行贯彻落实，完成港口设施保安评估报告的制订和保安计划的修订，先后于四、五月通过市、省及交通部的评审。6月30日，三家单位分别获得交通部颁发的《港口设施保安符合证书》，标志着常熟港全面履行SOLAS公约。
2008年8月18日华润电力常熟第二发电厂煤码头通过交工验收,通过专家组织评审，该工程被交通部长航质监站鉴定为优良工程。该码头为一个卸煤泊位，停靠35000吨（兼顾50000吨）散货船。码头长度232米，宽度27.6米，为高桩梁板式结构，年设计吞吐能力为400万吨，工程自2003年9月18日开工至2004年8月18日竣工，造价为4468万元人民币。华润电力码头的竣工验收，标志着常熟港又新增了1个50000吨级泊位。
【港务局核发《港口经营许可证》】根据《行政许可法》的要求及行政许可程序，港务局组织港口经营单位认真学习《行政许可法》，做好《港口经营许可证》的核发工作。2004年，已为
常熟兴华港口有限公司、江苏省常熟港钢材市场、常熟益成特殊钢码头等71家企业单位核发了《港口经营许可证》，规范了港口经营秩序。同时，港务局加强对行政许可的监督检查，保护港口经营企业法人和其他组织的合法权益，从而促进行政管理，提高行政效率。