平衡致死系统也称永久杂种，在平衡致死系统中，一对同源染色体的两个成员分别带有一个座位不同的隐性致死基因，这两个致死基因始终处在个别的染色体上，从而以杂合状态保存不发生分离。平衡致死系统利用倒位的交换抑制效应，可以保存带有致死基因的品系。

带有致死基因的品系本来是不容易保存的。一般品系都以纯合品系的形式保存下来，因为纯合品系是真实遗传的。例如果蝇的白眼品系，在实验室牛奶瓶中，每只雌体都是w/w，每只雄体都是w/Y；每产生一代新个体时，几乎不需要加以逐只观察，可以完全移入新的饲养瓶。但致死基因就不是这样，它不能以纯合状态保存，因为纯合个体是致死的；所以只有以杂合状态保存。

例如果蝇中第3染色体上的D（dichaete，展翅），是个显性基因，但也是隐性致死基因。要培养这个品系，只能把 D/+♀×D/+♂交配，下一代是2/3D/+，1/3+/+（本当是1∶2∶1，但1/4D/D个体死亡）。在保存这个品系时，必须把每代个体逐个观察，把+/+个体淘汰，只让D/+个体留种。如果不这样选择，则培养瓶中必然进行着自然选择，因为D/+♀×D/+♂所产生的子代数只有+/+♀×+/+♂所产子代数的75%。所以如果不把+/+个体人工淘汰，则饲养瓶中D/+个体比数必然每代降低，几代之后饲养瓶中就只有+/+个体，而没有D/+个体，也就是说，D这个基因“遗失”了，再也找不回来，无法再对它进行研究（例如要把D在连锁图上定位，在唾腺染色体图上定位，研究它的致死作用的生理机理，等等）。

但是每一代都要逐个观察是极费人力和时间的，在保存果蝇品系较多的遗传学实验室中这个困难尤其严重。摩尔根的学生Muller想出一个巧妙的办法，就是用另一致死基因来“平衡”，不过这第二个致死基因，必须与第一个致死基因不发生交换重组才行。

例如可用Gl（Glued，粘胶眼）来“平衡”。Gl也是第3染色体上的显性基因，但纯合致死。把D个体与Gl个体交配，挑选后代中既表现D又表现Gl的雌雄个体传代，后代全是 D+/+Gl，而不会有分离（图9-21）。

其实并不是真正不分离，不过分离出来的纯合个体全致死而已（图9－21）。这种永远以杂合状态保存下来，不发生分离的品系，叫做永久杂种（permanent hybrid），也就叫做平衡致死品系（balanced lethal system）。

不过D与Gl之间必须不发生交换才行。如果发生交换，则除了DGl染色体之外，还有++染色体，则后代中就会出现++/++个体；几代之后就会把D和Gl这两个基因都淘汰掉。

好在D与Gl两者在连锁图上位置极近，都在“41”那个图距附近，两者间几乎没有交换。

可是并不是每个致死基因都能由它附近另一个致死基因来平衡的。那么利用倒位就可解决这个问题。例如果蝇第2染色体上倒位品系Cy（curly，翻翅）在ⅡL（第2染色体左臂）有个倒位，在ⅡR（第2染色体右臂）也有个倒位，几乎把整个第2染色体的交换全部抑制。而Cy的纯合是致死的，因此第2染色体上任何致死基因1都可用Cy来平衡（图9-22）。

所以要保持一个平衡致死系统，必须满足下面两个条件：

（1）一对同源染色体的两个成员各带有一个座位不同的隐性致死基因。

（2）这两个非等位的隐性致死基因始终处于各别的同源染色体上。

要满足第二个条件，通常要有一个“交换抑制因子”，使两个非等位的致死基因不致由于交换而集中在一个染色体上。