广东南澳候鸟省级自然保护区于1990年1月经广东省人民政府批准建立，属省级自然保护区，是广东省唯一的海候鸟自然保护区。是澳洲、日本、俄罗斯、朝鲜等国家海候鸟进入中国的重要始点站，可为中国参加国际鸟类环志工作提供许多有利条件，具有国际性的作用和重要意义。
南澳县地处
粤东沿海，位于闽、粤、台三省交界处，由23个岛屿组成，主岛面积106.36平方公里。候鸟自然保护区分布于主岛以外的其它22个岛屿，陆地总面积256公倾，海域面积4300平方公里，海岸线长度24公里。 候鸟活动核心区主要在
勒门列岛的
乌屿、
平屿、白涵、赤屿等四个岛屿及其周围海域的明礁。其中以
乌屿尤为突出,该岛屿位于南澳主岛东南方,北纬23°22′，东经117°08′，距主岛约3.9公里，全岛呈长
椭圆形，西南至东北长约250米，西北至东南宽约150米，面积约4.2公顷。周围礁石棋布,船只难靠，人迹罕到，岛上无人居住。
自然保护区诸岛屿地处南亚热带，属
海洋性气候，春季湿润多雾，夏秋季多雨，并多台风雨，冬季较干燥，全年无霜。年平均气温21.5℃；雨量充沛，年均降水量在1348mm左右，降水多集中在4~9月；光照充足，年日照时数2323小时，大于或等于10℃，年积温达7785℃；空气湿度较大，年平均相对湿度达78%；气候适宜于各种留鸟和候鸟栖息。
南澳候鸟自然保护区，其范围主要分布于主岛周围的22个岛屿，现有总面积2.56平方公里，海岸线长度24公里，以勒门列岛的乌屿、平屿、白涵、卉屿4个岛屿为核心区，总面积0.188平方公里。还有以南澎列岛等岛屿为主的实验区和缓冲区。
南澳候鸟自然保护区鸟类资源十分丰富，素有“海鸟王国”之称。据华南濒危动物研究所有关专家的调查，一年四季在保护区停留过的各种候鸟、旅鸟、留鸟和繁殖鸟等约有90多种，隶属于32科，14目。中、日两国在1981年签订的《中国政府和日本国政府保护侯鸟及其栖息环境协定》共同保护的227种鸟类中，约有46种可以在保护区见到；其中：属于国家一级重点保护的鸟类有白腹军舰鸟、白尾海雕和短尾信天翁等3种，属于国家二级重点保护的鸟类有斑嘴鹈鸪、
岩鹭、
黄嘴白鹭、
红脚鲣鸟和
褐鲣鸟等5种。在旺季时，在保护区核心区可见到数以万计的海候鸟。
广东南澳候鸟省级自然保护区是广东省唯一以候鸟及其栖息环境作为主要保护对象的自然保护区，也是中国乃至国际研究候鸟的基地。作为保护区的核心区域，乌屿因是全球最北沿的褐翅燕鸥、粉红燕鸥繁殖地和栖息地而受到国际关注。
2002年8月经广东省人民政府同意成立“广东南澳候鸟省级自然保护区管理处”，负责对南澳候鸟自然保护区的具体管护工作。历年来，通过不断提高管护手段和质量，为候鸟营造了一个优良的栖息环境。