广东珠三角城际轨道交通有限公司是铁道部和
广东省共同出资组建的担负
珠三角城际快速轨道交通建设及运营与管理的国有企业。广东珠三角城际轨道交通有限公司成立于2010年08月25日，注册地位于广州市海珠区阅江中路688号保利国际广场北塔24楼，法定代表人为杨晚华。经营范围包括城际轨道交通项目的建设管理；城际轨道交通客运、物流及与运营相关的仓储等业务经营；建筑工程施工及管理；轨道交通相关技术咨询、技术服务、技术转让；资产经营；土地开发、房地产开发；物业出租，物业管理；广告设计、发布、代理；销售工程建设物资设备。（依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动）
公司内设9个职能机构，定编268人，分别为：综合部（党群工作部）、
计划财务部、工程技术部、安全质量部、物资设备部、经营开发部、东南指挥部、西北指挥部、运营筹备组。
2010年8月25日，按照铁道部、广东省共同签署《铁道部广东省关于又好又快推进广东铁路建设的会议纪要》的要求，整合部省各方建设资源，由
广州铁路（集团）公司、
广东省铁路建设投资集团有限公司分别作为铁道部、
广东省人民政府的出资者代表，股东双方各出资50%组建成立广东珠三角城际轨道交通有限公司，注册资本1亿元，负责整个
珠三角城际轨道交通网的建设、管理和经营。