广东省农业环境综合治理重点实验室依托省生态环境与土壤所和国家环保总局华南环境科学所，受广东省科技厅资助， 建于2001年，主要从事农业环境、农业生态方面的基础和应用研究。拥有一支梯队结构合理的科研队伍，博士学位科研人员占40%。已承担国际合作、国家级、省重点攻关等项目40多项。在2001~2002年间，已在国内外正式刊物上发表论文50多篇，其中SCI论文18篇。现有高级人员15名，中级人员2名。

开展以水土资源为核心的农业环境及其综合治理领域的前瞻性应用基础研究，实现土壤科学、环境科学与农业科学的相互渗透，为区域生态环境建设、可持续发展做出的重要贡献。围绕该学科目标，重点发展的研究方向：（1）土壤质量及其退化修复；（2）水土保持与扩散源污染（非点源污染）控制；（3）农业清洁生产与环境材料；（4）农业水环境与水污染控制。

1、农业水污染控制工程。2、农业水环境数学模型与信息决策支持系统。3、农业水环境污染机理与模拟。4、无机纳米材料提高农作物抗逆性的机理。5、南方蔬菜环境品质调控机。6、农业生产过程中的水肥调控与生物环境效应。7、异质景观中的农业NPS发生机理与控制。8、区域水土流失控制与水土保持规划。9、土壤侵蚀动力学机理与扩散源污。10、PAC系统中水分循环与农业节水技术。11、土壤养分循环与土壤肥力质量演变。12、土壤--植物系统中污染物循环与修复、控制。13、基于GIS与RS的土壤资源环境信息系统。14、区域土壤环境质量时空演变规律。

室主任万洪富是省生态环境与土壤所前所长，博士生导师，研究员国家攻关课题、国家基金课题、中科院重点课题、广东省自然基金、攻关课题及其他课题40多项。