由于林砺儒聘任了进步人士郭大力、张栗源等任教，以民主方式办学，平时引导学生看进步书报，引起国民党反动当局不满，以停发经费作威胁，迫使林砺儒辞职。学生由连县步行到韶关向省政府请愿，要求林砺儒留任。院长由省教育厅长黄麟书兼任。
1942年春，迁校于曲江桂头圩。1943年，由黄希声任院长。那时物质条件非常困难，但校务仍勉力维持，使教学不至中断。1945年初，曲江沦陷，该院猝不及防，致遭到重大损失。师生逃难，备极艰辛。最后才在连县东陂旧院址收容师生。不久迁往罗定榃濮乡复课，并另在兴宁甘塘与广东法商学院合设分教处，以安置疏散到东江地区的师生。
1945年
抗日战争胜利，迁回广州，在光孝寺复课，由罗香林接任院长。1946年秋，由何爵三任院长，迁回石榴岗原勷大校址上课。至1949年，学院规模颇大，设有八个学系，在校学生近七百人。其学系如下：
1、中国文学系。2、历史学系。3、教育学系。4、英语学系。5、地理学系。6、生物学系。7、物理学系。8、化学系。另在抗战时办有体育专修班，抗战胜利后，省立体专复校，该班复拨回省体专办理。