广州市第四十一中学创办于1958年，建立初期是一所初级中学。1969年经过上级批准开办高中，成为一所完全中学。学校从1999年至2003年实现了从普通中学跃升市一级学校再跃升为省一级学校的跨越式发展。按照海珠区教育局有关调整学校布局的方案，2003年9月与原沙园中学（现南校区）合并；2016年与原南石中学（现东校区）合并重组。学校形成以三个校区的规模。

学校隶属于广州市海珠区教育局，是广东省一级学校、广东省“现代技术实验学校”、“广东省绿色学校”。校园占地面积2.5万平方米，建筑面积2.3万平方米。全校初、高中共有58个教学班，学生3016人，教职工220人。

学校的教育教学设施先进完善，全校有3个多媒体专业室，4个电脑室，1个电子阅览室，1个语音室，建有供物理、化学、生物等学科进行实验或教学活动的实验室、专用室共30个。每个教室均配备了由电脑、网络接入设备、液晶投影仪等组成的多媒体平台，并于2001年建成了硬件先进、软件资源丰富的校园网。有洁净通风、采光性强的独立图书馆大楼（市一级中学图书馆）、技术先进的科普天文台；还有室内运动馆、游泳池、PU200米环形跑道、人造草地足球场、塑胶地面的篮球场和排球场，为学生提供了广阔的学习和运动空间。

学校现有220名教职工中，已毕业及在读的教育硕士方向研究生有14人，研究生课程进修班结业有18人，本科、大专的学历达标率100%；被评为省、市、区优秀教师有60人；一批教学骨干常年活跃在市、区的各学科的专业学术团体及其科研活动中。

国家级“十五”课题“基础教育信息化资源开发应用的有效性研究”的子课题《信息技术与课程整合的“自主发展”教学模式研究》获省的课题研究成果一等奖，被评为“海珠区科研先进单位”。

学校办学目标明确，以现代教育观念为指导，基于“为了每一位学生的发展”的办学理念，确立了“以质量求生存，以特色促发展，争创名优学校”的办学思想；制定了“认真、严谨、勤奋、刻苦”的校风和“爱生、律己、严教、精业”的教风。1998年起学校开展了以“自主教育”为主旨的教育改革，2005年9月，学校“自主教育模式”科研课题获广州市第五届教学成果奖二等奖；2006年6月学校承担的《教师专业化的校本培训研究》等多个课题研究。自1979年以来，学校坚持在师生中开展学雷锋活动，坚持把“学雷锋，树新风，创三好”作为素质教育的载体。“雷锋精神与时俱进”已成为学校的德育特色。学校被共青团广州市委命名为“广州市青少年学雷锋活动教育基地”。学校正逐步迈向一条“德育立校，科研兴校，质量强校”的办学之路。

学校教育教学质量显著提高，连续六年获广州市高三毕业班工作一等奖，其中2004年本科上线率超过61%，上线率100%；2003学年～2005学年连续三年获海珠区初中毕业班一等奖。2003年3月学校代表队参加广东省头脑奥林匹克竞赛初中、高中组均获得一等奖。在2006年获得广东省第二十届青少年创新大赛两项二等奖。

广州市第四十一中学是广东省一级学校。学校有二个校区，占地面积达2.5万平方米，建筑面积达2.3万平方米，校园布局合理，学校的教育教学设施先进完善，有洁净通风、采光性强的独立图书馆大楼和海珠区惟一的电脑自动寻星科普天文台，特别是理、化、生实验室更为充足。PU200 米环形跑道，人造草地足球场、铺上塑胶的篮球场和排球场、室内运动馆以及游泳池一应俱全，为学生提供广阔的运动空间。

学校各种教学辅助室、实验室有70间，学校现有500多台电脑，并已建成校园网，连接互联网。有洁净通风、采光性强的独立图书馆大楼现藏书近10万册，人均超过40本，电子读物人均21册以上。两个校区各有200M环形塑胶跑道和100M直跑道，独立篮球场5个，排球场1个，羽毛球场2个，20张乒乓球台，有25×15M的游泳池，还有地理园、生物园，学校的教育教学设施先进完善，能满足教育教学需要，特别是理、化、生实验室更为充足共有14个实验室。有计算机智能控制寻星功能的科普天文台和特色鲜明的历史、地理专用室成为学校教学设施的亮点。

学校现代教育技术水平的提高，早在1999年就建成校园网，经过几年的升级换代建成现代化的网络系统。整个校园网用光纤作为主干，校园网设计有500个节点，千兆主干、百兆到点，学校（校本部）拥有电子阅览室1个，学生电脑室2个（配有P4 2.8GHz 联想品牌计算机），软件制作室一个，多媒体教室40个，综合和专业电教室28个，双向闭路电视系统1套，可适应高考听力考试要求的广播系统一套和48路探头监视系统一套。学校为全部教师办公室安装独立分隔办公桌并连上网线，逐步实现每人一机。该校已把校园网与海珠区教育信息网和广东省教育科技网连接上，可以在网络上实现校际之间的合作与交流。学校严格按照国家《教育管理信息化标准》进行教育教学管理，基本实现办公信息化。

根据2023年学校公布的信息，广州市第四十一中学领导如下：

校党委书记：陈东桢

校长兼党委副书记：马丽娜

副校长：刘海红、王智君、张光强、钟文杰

学校是广东省文明单位、广东省依法治校示范学校、广东省安全文明校园、广东省高中教学水平优秀学校、广东省义务教育阶段标准化学校、广东省信息化中心学校、广东省书香校园、广东省绿色学校。连续多年获广州市初中、高中毕业班工作评比一等奖，，荣获“2020年海珠区先进集体”称号。

2023年4月11日，荣获首批“总体国家安全观教育示范学校”荣誉称号。

2024年12月2日，广州市海珠区人民政府官网发布了广州市第四十一中学（东校区）扩建提升工程审批前公示。

根据公示，项目建设地点为广州市海珠区工业大道中广纸北二路116号，建设期限为2027年1月至2029年5月，总投资约1.4亿元，规划用地面积是16869平方米，新建总建筑面积为20808平方米（其中地上15540平方米，地下5268平方米），建设内容包括新建综合楼、体育馆和地下室，改造校园基础设施等。