广州白云机场综合保税区于2010年7月由国务院批准设立，是广东省获批的第一个综合保税区，作为全国少有的“区港一体化”运作的综合保税区之一，也是广东省内唯一依托国际机场建设的海关特殊监管区域。

2022年12月23日，广东省首个经国务院批准成立的综合保税区——白云机场综合保税区（以下简称机场综保区）三期正式通过联合验收。

2024年6月28日，广州白云机场综合保税区市域产教联合体（以下简称联合体）成立大会在广州空港中心召开。联合体由广州白云机场综合保税区管理委员会、广州白云国际机场股份有限公司、中国民航大学、中国民航局第二研究所、广州空港产业投资集团有限公司和广州民航职业技术学院牵头，联合有关企业、院校、科研院所和行业组织共同组建。

2024年8月21日，广州海关与广州市政府联合共建的AEO培育实训基地在广州白云机场综合保税区（南区）跨境电商监管中心顺利揭牌，标志着广州市首个AEO培育实训基地正式落成并投入使用。

作为广东省内唯一依托国际机场建设、位于广州空港经济区的海关特殊监管区域，机场综保区一直是广州市深化改革开放、带动全市外贸经济发展、构建外向型经济新格局的重要平台。随着三期验收的完成，机场综保区内的验收用地范围再次增加0.89平方公里，不仅推动机场综保区建设发展迈上新台阶，也为广州市加快外向型经济发展，打造国际航空枢纽提供了新的增长极。