广西海洋环境监测中心站成立于1985年，是广西区环保局直属的正处级公益性事业单位，属国家一级监测站。机构设置有：办公室、监测室、综合技术室、生态研究室、质量管理室、儒艮管理站办公室、自动监测室等10个科室，其中自动监测室专门负责广西近岸海域自动监测网络的实施。

广西海洋环境监测中心站的主要职责是：负责广西近岸海域的环境质量监测、广西入海污染源的常规监测、事故应急监测；负责组织南海西部近岸海域和北部湾近岸海域环境质量监测、入海污染源的常规监测、事故应急监测；参与海洋环境标准、技术规范、监测方法的研究、制订和环保竣工验收工作。

自1987年起，广西海洋环境监测中心站已开展了近22年的广西近岸海域水质、沉积物监测和入海污染源监测。至2010年，广西近岸海域监测站位已达48个，监测项目32项。2006年广西海洋环境监测中心站实验室通过国家级计量认证，目前通过的认证项目包括:水、气、（土壤、底质、植物、生物残留体、固体废物）、噪声、生物、海水、海洋沉积物和生物体 、海洋生物等八大类共208项。