医院设有23个病区（糖尿病病区、肝病病区、心病病区、肺病病区、肾病病区、肿瘤病区、骨伤病区、外科病区、痔瘘病区、脑病病区、老年病区、儿科病区、妇科病区、颈肩腰腿痛病区、乳腺病区、急诊科、针灸病区、ICU）、63个专业科室（糖尿病科、肝病科、脑病科、肾病科、心病科、肺病科、儿科、妇科、老年科、乳腺科、骨科、肛肠科、急诊科、针灸科、皮肤科、口腔科、男科、耳鼻喉科、疼痛科、功能科、推拿科、病理科、康复科等）、5个市级研究所（开封市糖尿病研究所、开封市中医肝病研究所、开封市中医药研究所、开封市中医呼吸病研究所、开封市中医心血管病研究所）、7个省市医疗中心（糖尿病研究中心、创伤急救中心、亚健康疲劳防治中心、体检保健中心、脑瘫脑病康复中心、特色疗法中心、治未病中心）。其中，糖尿病科、肝胆消化科是国家级重点专科，肝病科、脑病科是省级重点专科，糖尿病科、脑病科、肝病科、心病科、肾病科、儿科、妇科、外科、骨科等是市级优秀中医专科。另外，还设有健康体检中心1个，
社区卫生服务中心1个，
社区卫生服务站1个，市级专科医院2个（市糖尿病医院、市痔瘘肛肠病医院）。
医院开放床位1086张，配有1.5T核磁共振、64排128层螺旋CT、CR、彩超、大型麻醉机、白内障超声乳化治疗仪等医疗设备，还拥有层流手术室、
血液透析室、重症监护室。