1966年，张军钊在新疆入伍。1974年，复员后在新疆乌鲁木齐市团结剧场担任宣传干事。1978年，张军钊考入了北京电影学院导演系，这一年是刚刚恢复高考的时候，当时中国报考人数超过5000人，只招了28人，张军钊是西北考区招收的三名学员中的一个。
1982年，从北京电影学院导演系毕业后，开始担任广西电影制片厂的导演；同年，担任电视剧《路》的执行导演。1983年，执导个人首部电影《
一个和八个》，该片获得中国广西艺术节一等奖“铜鼓奖”。
1985年，自编自导由
马征、袁启明共同主演的体育电影《
加油，中国队》；同年，执导剧情电影《
孤独的谋杀者》，该片参展莫斯科国际电影节、荷兰鹿特丹国际电影节。1986年，执导电视剧《绿之歌》。
1987年，由其执导的爱情剧《爱在夏夜里燃烧》播出。1988年，执导由
张光北、
白灵联合主演的心理电影《弧光》，该片获得莫斯科国际电影节“生活之毯特别奖”。1989年，担任广西电影制片厂副厂长，并成为了中国电影家协会会员、中国电影导演协会会员。
1990年，执导犯罪剧《生死之间》，该剧获得西南六省市电视剧一等奖（金奖）、中南六省市电视剧一等奖（金奖）。1992年，自编自导由
朱琳、李强共同主演的剧情电影《台北女人》。1993年，执导由
金风、黄锦善等联袂主演的剧情电影《
花姊妹风流债》，该片讲述了被人称做花神的花农钟大农和三个生得如花似玉的女儿的故事。
1995年，由其执导的传记剧《李正海》播出。1997年，执导剧情电影《伍千万美金归你》。2000年，执导由
李婷、
史可、刘冠军联合主演的纪实剧《红蜘蛛》。2001年，执导剧情电影《
花季有风》，该片讲述了16岁少女蕴韵成长故事。2002年，执导根据高锋同名小说改编的民国爱情剧《
玲珑女》。
2007年，由其执导的电视剧《
红蜘蛛4堕落天使》播出，该剧讲述了部分女性在痛苦和绝望之后，报复男人的故事。2008年，执导纪实警匪剧《
福州国际绑架案》，该剧以福建的“3·11”跨国绑架案为蓝本改编而成。
2011年，执导由
高明、
朱晓渔合作主演的刑侦犯罪剧《重刑犯》，该剧以20世纪初新疆监狱的改革发展为主题。2018年6月9日早晨6时58分，张军钊在大连病逝，享年66岁。
张军钊是一个能沉得住气，很稳张的导演。在学生时代，他很上进，也很认真，丝毫不敢懈怠。他身体微胖，须髯满腮，目光睿智，口气和蔼，语调轻微，是一位修养颇深的文化人。他在电影事业上喜欢新奇，喜欢探索、喜欢不断地尝试新的题材、新的手法。《一个和八个》属于战争心理片，《加油，中国队》属于体育情绪片，《弧光》属于心理探索片，《孤独的谋杀者》属于武打片，要追求严肃的艺术，也要求得生存，因此，他的影片有纯艺术的，也有追求商业性质的较高档的娱乐片（新京报、《福建艺术》综合评）。