起义后的猎狐犬部队由
利奎德·斯内克（Liquid·Snake）任总指挥，部分高层队员为诱饵章鱼（Decoy·Octopus）、意念螳螂（Psycho·Mantis）、狙击雪狼（Sniper·Wolf）、火神
渡鸦（Vulcan·Raven）和
左轮山猫（Revoler·Ocelot）。他们的要求是让美国政府交出被称为“传说中的佣兵”——大首领的遗体。
美国政府所采取的对策是，让前
FOXHOUND队员索利德·斯内克（Solid·Snake）单独潜入他们的基地，试着解决事件。索利德·斯内克被赋予的任务是，确认猎狐犬部队是否拥有核发射能力，若果真拥有的话则阻止其发射，另外还要救出人质。作为后方支援部队，美国政府召集了猎狐犬部队原司令官罗伊·坎贝尔（Roy Campbell）等人。
在潜入影子摩西岛之后，索利德·斯内克虽然成功与人质取得了接触，但人质却相继神秘死去。拯救人质任务失败的索利德·斯内克得知了岛上正在开发Metal Gear Rex-“霸王”这件事，在猎狐犬新兵梅丽尔·希尔佛伯（Meryl·Silverburgh）以及Metal Gear霸王的开发者哈尔·艾默里克（Hal·Emmerich）的帮助下，斯内克决定找到PAL，然后阻止核发射。除猎狐犬队员的抵抗之外，还突然出现了一位极度渴望战斗的迷之机械忍者（Grey·Fox），这无疑使影子摩西岛的状况变的更加混乱。索利德·斯内克也曾一度被猎狐犬俘虏入狱。在用计逃出后，他得到了PAL，并与机械忍者一起成功破坏了Metal Gear Rex。
在这次作战中，索利德·斯内克是暗杀病毒“死狐”的携带者一事得到了证明。
五角大楼企图利用死狐病毒将叛军和作为人质的阿姆斯军工的总裁一并抹杀，毁灭一切证据。最后索利德·斯内克在身体带有死狐病毒的状态下去了
阿拉斯加，而Metal Gear Rex的技术数据则经由山猫之手泄露到了黑市上。