二十岁左右便通英、日文，擅长数学和写作。1897年与张鸿、丁祖荫在常熟创办中西学社，任教数年。1903年起开始文学生涯，翌年与曾朴、丁祖荫在沪创办
小说林社，任编辑主任。后又任《小说林》杂志译述编辑。他热心于介绍西方先进的科学文化，不仅翻译了科幻小说《黑行星》，并创作科幻小说《新法螺先生谭》，被视为中国近代创作科幻小说的先行者。徐念慈追求进步，其创作的白话小说《情天债》，反映了民主革命思想。他的翻译不过五年，却能在晚清翻译界赢得一席之地，实属不易。他专译军事小说、冒险小说、科学小说。其译文多用白话或浅近文言，且有意保持域外小说原有体裁和笔法。
徐念慈于1904年翻译出版了日本押川春浪著科幻小说《新舞台》，于1905年翻译出版了美国西蒙纽加武著科幻小说《黑行星》。他自幼博览群书，尤爱算术。曾在小学师范、竟存公学、爱国女校、尚公小学任教，后应《
孽海花》作者曾朴之聘，任小说林社编辑主任。徐念慈著译甚众，有几十种之多。在1901年，他曾发起组织数学同盟会，会员达一百多人。在1908年第九、十期《小说林》杂志上，徐念慈发表了《余之小说观》，系统地阐述了他对当时小说创作的看法。徐念慈患胃病。1908年6月13日，胃病发作，因误服猛剂，吐泻不止，于16日不幸逝世，年仅34岁 妻子朱氏，生子女各二人。徐念慈文学根底很深，又喜爱科学，懂外文，思想敏锐，这促使他很早就对著译科幻小说发生兴趣。
出身书香门第，家境富裕。幼时聪颖过人，论事很有主见。青年时代就精通英、日两国外语，且擅长数学与写作，在家乡颇负时誉。他考取过秀才，并经岁科两试均在一等前列，取得廪生的资格，可是他却鄙视这种科举制度，不愿进入仕途。他与志趣相仿的
曾孟朴、丁祖荫等人组织学社，研讨学术。后来又自行筹款，营建高等小学，先后担任校长6年。后来又曾创办过进化女学。清光绪三十一年（1905年）曾孟朴在上海创设小说林社，发行《小说林》杂志，聘请他担任编辑。他广征人才翻译外国小说，自己翻译的就有《海外天》、《黑行星》、《美人妆》、《新舞台》等多种。他翻译小说多半用白话文和浅近文言，并且力求保持原著的面貌，开拓了翻译的新途径，对后来翻译界的影响很大。他在《小说林》上发表的《余之小说观》，提出小说离不开人生，小说反映人生的见解，在当时具有重要的进步意义。当时的一些著名书店都是以出版教科书取得成功的，他认为跟在人家后面亦步亦趋不一定能成功，反而被人家讪笑，建立小说林社股东会专事供应参考书与大书店进行竞争。对此，曾孟朴认为失败的危险性很大，竭力反对，但他的提议却在股东会上通过，并付诸实施，小说林社为此增设宏文馆，编辑辞典、地图之类的书籍。由于成本过高、资金有限、推销不易，以致资金周转困难。他虽拚命努力却无济于事，连薪水都不能按月支付，只好先后在上海竞存公学、爱国女学、尚公小学兼课，以维持生计。因积劳成疾，在小说林社倒闭的前一年——光绪三十四年（1908年）去世，年仅34岁。
徐念慈之子徐辛农，生于1900年，曾就读于北洋大学，其父去世后，为了照顾母亲，转学至
上海复旦大学。系南京江南水泥厂创始人之一，后一直担任总会计师一职。
徐辛农与宋依萍女士育有徐尔强、徐尔骏、徐尔仁、徐尔欣、徐尔维、徐尔德三儿、三女。南京大屠杀期间，徐辛农先生曾与爱国实业家陈范有、和担任厂长的昆特等人，共同营救近三万难民，并向抗日军队捐赠大量药品和金条。中央电视台抗战60年专题节目中曾对此做过详细的介绍。
《新法螺先生谭》是徐念慈在看过包天笑翻译的《法螺先生谭》和《法螺先生续谭》二文之后，撰写的戏仿之作。包天笑的译作是根据日本岩谷小波（1870-1933）翻译的小说《法螺吹き男爵》重译的，其原作是德国的民间故事“敏豪森男爵历险记”，讲述一个爱吹牛的男爵的冒险经历，小说以荒诞戏谑为其主要成分。
《新法螺先生谭》以第一人称叙事，讲述新法螺先生在高山之巅，灵魂和躯壳一分为二，躯体下坠至地心，见到了中华民族的始祖“黄种祖”，灵魂则向上飞升，先后游历了月球、水星、太阳，最后回到地球和身躯合二为一。经过此番游历，新法螺先生发明了万用能源——脑电，由此大兴教育，传授脑电之术，不料却导致世界上三分之一的人口失业，于是新法螺先生只得潜归故里。